內森。德雷克和他的老搭檔沙利文決定尋找英國偉大航海家德雷克爵士記錄的“黃金之國”。
起初內森偽裝成壹名考古學家，並邀請了壹名女記者埃琳娜？費希爾為此付出了代價，在海底發現德雷克棺材裏的筆記後逃離，循著筆記找到了地圖，卻遭到了李肅舊識的伏擊，李肅也被他們抓住了。
德雷克逃跑時，遇到了壹直跟蹤他的埃琳娜。他們去了地圖上標註的地點，最後發現“黃金之國”只是壹座被詛咒的巨型雕像。反派的二把手殺了他的上級，並試圖利用雕像，但內森打敗了他。內森將雕像沈入大海。
內森和埃琳娜墜入愛河，中途分手。
第二段:
內森的老朋友哈裏·芬恩帶著內森的前女友之壹克洛伊來到內森身邊尋求幫助。壹個俄羅斯富翁讓他找出凱爾波羅留下的傳說中的香巴拉古城。結果哈裏·芬恩在土耳其找到線索後欺騙了內森。
克洛伊聯系蘇裏將內森從監獄中解救出來，並成為壹名雙面間諜，幫助內森獲得富人雷伊·賈維奇的信息。內森認為寶藏在尼泊爾。
萊伊和內森同時進入尼泊爾，並利用他們的財產在那裏發動內戰。這時，內森認識了作為戰地記者來到這裏的艾琳娜。伊蓮娜幫助內森跳上了在萊伊打開山的火車。內森接連炸毀了整列火車，最後暈倒在雪山上，被當地居民救出。
其中壹位居民是二戰中的德國探險家。在得知香巴拉的力量後，他殺死了他的納粹同伴。他告訴內森香巴拉的確切位置。
最後，雷抓住了內森，把他帶到了香巴拉。他在香巴拉市中心發現了壹棵大樹，它的樹脂會像僵屍壹樣把人變成不死之身。拉耶因為貪欲淹死在樹脂裏，古城崩塌。內森和他的同夥逃跑了。
內森和埃琳娜結婚，中途離婚。
第三段:
森和李肅依靠壹個虛假的交易引出了馬洛(壹個老婦人)，另壹個在內森十幾歲時遇到李肅的角色，偷了德雷克的星盤，並用內森的德雷克戒指(他們當年偷的兩件文物之壹)解碼了德雷克寶藏的位置。
內森和蘇裏、克洛伊和他們的另壹個朋友卡特分成兩組分別在法國南部和敘利亞尋找線索，確定寶藏在阿拉伯沙漠，傳說中的“千柱之城”(此部分與阿拉伯的勞倫斯有關，是真實故事，改編自書籍和電影)。
內森和蘇裏來到了阿拉伯的內陸地區，遇見了來這裏做節目的埃琳娜(…)。他們遇到了馬洛，馬洛的副手和壹隊受雇的海盜。他們給內森下了藥，讓他坦白了壹切。他們還懷疑內森是德雷克後代的身份，並秘密帶走了蘇利。
內森逃脫無果，被交給了海盜。海盜讓他起航，羞辱他說蘇裏在他手裏。結果內森弄翻了整艘船，發現蘇裏不在。海浪把內森打回了岸邊，他找到了埃琳娜的酒店房間。埃琳娜以為他已經死了，再三要求他不要再冒險。內森含糊地同意在埃琳娜的腿上睡半天。
埃琳娜帶她去了機場，但他突然抓住了馬洛的飛機，飛機在半空中起火，導致飛機失控。內森從撕裂的飛機上掉到了地上。他走了好幾天沒有走出沙漠，直到壹個當地酋長救了他。
酋長告訴他，壹個惡魔的靈魂實際上被封印在千柱之城。知道了馬洛的計劃，他決定幫助內森組織馬洛。馬洛把薩利留在了城門口，內森可以去接他。進城後，口渴的內森忍不住喝了城裏噴泉的水。結果，他看到蘇力在他面前被狙擊槍刺穿胸膛——他不停地奔跑，二十年前遇見蘇力的南美小鎮的場景在他身邊重現——它與馬洛操縱的魔鬼搏鬥——直到他再次見到蘇力，才發現他是因為喝了水產品而產生了幻覺。
他們破壞了馬洛的打撈，導致了古城的倒塌。馬洛在逃跑時被流沙困住了。她拿出德雷克戒指，讓內森“證明自己”。內森說他沒什麽好證明的，但他還是試圖把馬洛拉出來，但沒有成功。
回到城市後，李肅告訴內森，從他二十年前闖入他的世界開始，他就壹直把內森當成自己的兒子，並拿出內森的結婚戒指鼓勵內森和埃琳娜重聚。
神秘海域系列:
神秘之海是壹款集解謎、尋寶、探險、射擊於壹體的冒險動作遊戲系列。
PS3\PS4系列由SCE旗下的頑皮狗工作室制作，PSV版由本德工作室制作，為外國作品。
第壹部作品發布於2007年。遊戲以原始叢林、熱帶雨林、沙漠腹地、雪山高原、古代遺跡等地為背景，以電影的形式呈現。主人公內森·德雷克(內森·德雷克飾)必須面對各種各樣的敵人，並最終找到寶藏。