方克勤是寧海人。元末臺州賊起，吳江縣令金剛怒，奉省府之命，招募水兵抗賊。方克勤的建議沒有被采納，他被迫逃到山裏加入盜賊。洪武二年，郡縣重分，(方克勤)因母親年老離家。四年後，他來到京都，在官考中獲得第二名，並據此被授予濟寧知府官職。
恰在此時，皇帝下詔號召百姓開墾荒地，三年後開始納稅。但地方官沒等到三年期就收了稅率，百姓都說聖旨不可信，於是棄田而走，田地又壹次被棄。方克勤跟人約好了，稅款必須限期繳納(三年後)。把田地分成九等，對等級差的田地征收稅率。官員不允許耍花招，如果違規，當天就免職。同時，(方克勤)創辦數百所學校，修繕孔廟，興起教授文化之風。在非常炎熱的季節，守城總司令命令人民建造城市。方克勤說:“這個時候老百姓忙得連耕田的時間都沒有。他們怎麽能承擔這麽重的工程？”我寫信給中書，為民請命，得到停止服役的忠告。因為當時久旱，濟寧盛產糧食。濟寧人誇他說:“誰免除了我們的勞動？陛下(方克勤)很努力。誰給我們吃的？飽受帝王之雨。使君與民之父母無異。”(方克勤)在這裏幹了三年，人口繁榮了幾倍，全縣豐衣足食。
方克勤以德治為根本，不貪圖功利名聲。(他)曾說:“近名利必耀武揚威，耀武揚威必害民。我不忍心。”他過著簡單樸素的生活，十年不換壹件布衣，每天不再吃肉。太祖用嚴法，士大夫(指朝廷大臣)被貶。方克勤體貼安撫招待路過濟寧的人。永嘉侯朱良祖曾率船隊到北平，河水幹涸，準備用五千多勞力清理河道。方克勤不同意，含淚向天祈禱。突然下起了大雨，水深達到了幾英尺，船隊才得以通過。人們認為(方克勤)是神。八年(方克勤)後，入朝廷。太祖為獎勵他的功績，設宴款待，把他送回濟寧。後來(方克勤)被屬下官員陷害，被貶到江浦做苦役。然後他就死了。他的兒子方孝孺為他哀悼。方孝孺有傳。