金上京歷史博物館創建於1961年9月，當時叫阿城縣博物館。博物館位於原縣城。
1965，阿城縣博物館變更為阿城縣文物管理所。
1977年，在桐城路東側的人工湖(現會寧公園)上，修建了壹座阿城縣文物管理所辦公樓。阿城縣文物管理所不僅規模擴大，職能也從原來的保護管理擴展到文物陳列和對外展示，系統進入了館所合壹時期。
金上京歷史博物館位於阿城區延川街南兩公裏金上京遺址西側。1997新建，1998+00對外開放。它於2005年關閉，2006年重新開放。它是中國唯壹壹座展示金代歷史和金代文化的博物館。