康熙十二年(1673)三月，平南王尚可喜因年老多病，願回舊遼東。想請他帶著兒子尚誌新攻主繼續鎮守廣東。康熙帝認識到這是壹個退出諸侯的好機會，就下旨表揚尚可喜“無所不知”。同時指出廣東已經“定了”，諸侯王已經沒有坐鎮的必要了，所以不允許尚可喜的兒子繼續坐鎮，命令他退出諸侯，回到遼國。自以為功高權重的吳三桂也假裝要求他退出三藩，試探朝廷的態度。他認為“疏則上，上則不敢調，故釋其疑”(3)。我在朝廷的時候，大臣們意見不壹，爭論不休。“不能撤詞的人多，該撤詞的人少。”。康熙帝態度很堅決，認為“三桂等人蓄謀已久，若不及早除之，必成疾。”今退也反退，不退也反退，不若第壹”(1)。堅決答應了他的要求，下令撤藩。隨後，耿也要求撤藩，皇帝也瞄上了，讓藩遷回山海關。康熙皇帝廢三藩的決心沒有持續壹天。”從小到大，舊金山的潛力壹天比壹天熾烈，我要撤了。“②領政後，以“三藩、河務、漕運三件大事，夜誤”③為戒，書掛宮柱。康熙帝認為“三藩執兵柄，恐久長，故決撤”。可見他退出諸侯的舉動是經過長期深思熟慮的。舊金山的撤軍擊中了這些傲慢的士兵和專家們的痛處，他們在黨內占主導地位。於是，吳三桂在康熙十二年十壹月第壹次公開挑戰，造反並聲稱“天下正邀軍馬元帥”。他呼籲復興明朝，並發表《反清運動》，假裝所謂明朝三太子將性命托付給遺孤，將自己裝扮成明朝忠臣，企圖以謊言來籠絡民心，獲得支持。壹時間，壹些造反降清的武將，壹些督撫、知府、總兵等。彼此約定，造成“謠言不實傳播，四方響應”和“相背叛”。次年三月，靖南王耿仲晶在福建，康熙十五年(1676)，平南王尚可喜之子尚之信先後響應廣東吳三桂，公開造反。其他與清廷有矛盾的中國將領，如廣西的孫延齡(孔有德女婿)、王雄，四川的羅森、鄭嬌麟、譚紅等也先後加入吳三桂。耿與吳三桂勾結後，又聯系躲藏在臺灣的之子鄭靜，請求增援。鄭經領兵侵閩粵沿海，轉江西，以為策應。這場由吳三桂等三位藩王發動的反抗清朝統治的叛亂，史稱“三藩之亂”。
吳三桂兵變後，叛軍來勢兇猛，猝不及防。吳軍迅速攻取湖南衡州、常德、越州，前鋒直取澧州。耿兵變後，他很快進入江西和浙江。叛軍控制了長江以南大部分地區壹年多，形勢非常嚴峻。
面對吳三桂的叛亂，二十歲的康熙皇帝果斷堅決。他首先排除了朝廷壹些大臣要慢慢退兵的想法，下令砍掉吳三桂的男爵以示武力平定叛亂的決心，並處死了吳三桂在京的兒子吳和孫武士林。“帶著老賊的勇氣，帶著鏟除輪奸的希望，激勵三軍之心。”。然後，發兵討伐吳三桂。
鑒於當時國內形勢復雜，康熙帝作出平定叛軍的作戰部署，將清軍分為兩條戰線。以自古以來就是兵家必爭之地的湖北荊州和與楚、閩接壤的江西為前線，堅守八旗，阻止叛軍渡江。以控制南北交通大動脈的山東益州和扼住東西咽喉的山西太原為後方兩個支點，重兵把守和控制南北、東西隧道，協調戰線。按照這個部署，短短兩年，清軍逐漸占據優勢。在軍事征討的同時，指示雲貴兩省的官、兵、民“和平自保，不得威脅。”即使妳錯誤地跟隨了賊黨，妳也可以懺悔，真誠，知道妳已經原諒了過去，不會被追究。對妳的父親、兄弟、孩子、親戚等。，現在直隸各省都有正式居民，有法令規定各職業都是安全的，大家不要懷疑。有的可以活捉吳三桂首級，獻兵於前者，即以其爵位。有能懲縛渠長者，還其命於兵馬城池，功德從優，我不食言。".安撫人心。同時實行籠絡部分漢將的政策。為了穩定西線，處於觀望和反叛狀態的陜西太守王試圖拉攏。王殺害朝廷駐陜總管莫洛，是藐視朝廷的大罪。但康熙皇帝不僅容忍，而且不治其罪，反而給自己寫了壹封信，說:“不知人所知。”“怪什麽？”①王終於在康熙十五年加入了清廷。康熙帝還向甘肅巡撫張勇進貢，使其效忠朝廷，以此緩解西北，使朝廷能集中兵力對抗南方叛軍。康熙帝在吳三桂公開升起義軍旗幟後，為了集中兵力消滅吳三桂，下令撤回耿和尚之信三藩。當吳三桂的後代在北京被處死時，耿的兄弟們在北京卻“寬容如常”。耿叛亂之初，康熙帝曾向耿傳話，“若能記住累朝恩和忠義的遺言，翻心自首，侵大陸的海賊將迅速被鎮壓，即赦免其前罪，視同前罪”給耿凡留條後路。同時加強軍事攻勢，清軍迅速占領浦城、建寧、延平三縣。康熙十五年(1676)十月四日，靖南王耿仲晶在清軍四面楚歌，內部矛盾重重的情況下，被迫帶領文武百官投降。皇帝命耿“守京南公，引所屬官兵伊，隨兵(指清軍)平海上叛亂(指鄭京)，以贖罪”(4)。鄭無法阻止他，於是他回到了臺灣省和福建。廣東商範在吳三桂叛逃後，平南王尚可喜依然忠於朝廷。所以康熙帝立尚可喜為平南太子。康熙十五年年初，尚可喜病了，尚之信接替他當了總監，各部會陸續投奔吳三桂，於是尚之信也附了吳作亂，被吳三桂招為偽將軍，後來又封了太子。10月，尚可喜病逝。不久，福建耿被清剿，尚誌新知道繼續依附吳已無出路，於是主動派人索要密函。皇帝赦免了他的罪行，讓他“以相機滅賊，立功”。康熙十六年(1677)五月四日，清軍兵臨廣東韶州時，尚誌新帶領文武百官剃發“變法”，派尚誌英到韶州迎擊清軍，皇帝還命他們“攻其父，尚可喜親王平南”。這樣，廣東也被平定了。從而切斷吳三桂的側翼，讓吳軍陷入無奈的境地。
此外，由於滿族八旗將領和旗兵長期養尊處優，戰鬥力逐漸減弱，西南地區多山，八旗騎兵發揮不了多大作用，康熙帝只好依靠綠營兵。清朝的綠營都是漢人。由於清朝統治者實行的民族壓迫和民族歧視政策，綠營人與八旗人在地位和待遇上有很大差距。連綠營的將領都在八旗的監管之下，所以綠營的官兵處處受到約束。但綠營人數眾多，以步兵為主，熟悉當地地形和環境，適合在西南山區作戰。於是，康熙帝極力安撫綠營將領和漢兵，制定了“官兵青石板賞”，破格提拔部分綠營將領，包圍了以綠營為主力的叛軍。
耿、尚誌新、王相繼入朝後，清軍集中主力圍剿叛亂首犯吳三桂。康熙十六年(1677)，吳三桂占領湖南衡州，分兵廣東樂昌和江西南安。屢立戰功的康熙帝詹姆，率領清軍在衡州奮勇前進，為的是“止賊留守”，“緩和”兩廣。詹姆率領清軍迅速攻占茶陵、仁安等地。康熙十七年(1678)初，清軍陸續收復湖南部分地區。這樣，清軍完全控制了叛軍之外的廣東、福建、江西、陜西等地。眼看大勢已去，陷入絕境的吳三桂迫不及待地於康熙十七年(1678)三月在湖南衡州建城示強，企圖穩住叛軍，鼓舞士氣。八月，吳三桂病逝。其孫(吳私生子)在衡州繼位，改弘化。吳三桂死後，叛軍人心惶惶，沒有壹定的攻守之策，屢戰屢敗。尤其是對湖南咽喉越州的戰鬥。康熙帝從荊州、陜西、河南、安慶等地集中兵力圍攻嶽州，采納了吳郡水師前將軍林的建議，切斷水師對嶽州的償付，然後水陸部隊猛攻嶽州。趁著吳三桂死後軍心渙散，清軍加緊軍事進攻，瓦解敵軍內部。偽軍總指揮官王度沖和偽軍將領陳波帶領軍隊來到清朝。清軍很快在湖南戰場上取得了決定性的勝利。叛軍已敗，嶽州已敗，長沙等地叛軍也棄城南逃雲貴。
康熙十八年(1679)四月，在“湖南已平定，廣西也交了錢”，叛軍躲藏在雲貴壹隅的形勢下，康熙帝下令“當時只有吳三桂壹人發起叛亂，其部下皆受威逼，赦之”。對於叛逃者，“前罪皆赦，功德錄加。這壹政策在叛軍的迅速瓦解中發揮了作用。不久，起義軍副司令周嘉率領61名文武官員、9340名士兵和6500多名家眷向清廷投降。康熙十八年(1679)年底，陜西神勇將軍趙良棟、魏奮平涼將軍王金寶收復關中、洛陽後，康熙帝命其帶領綠營入川，滿洲八旗緊隨其後，以支援他們的糧餉，互相協調。由於各路大軍齊心協力，康熙十九年(1680)正月定下四川，隨後梁冬、巡撫雲貴率軍從四川向雲貴進發，湖廣總督蔡玉榮、平南將軍塔塔分別從湘桂進軍雲貴，直搗xi王的老巢。康熙二十年初，清軍攻陷貴州，幾支清軍在昆明城外會師。清軍圍困昆明，吳世璠束手無策，城內文武百官紛紛出山。10月28日，守城叛軍計劃向吳世璠獻清，吳世璠聽說後自殺。29日，行開南門納城投降。清軍分析了吳三桂的屍骨，分發到各省，而吳世璠卻當眾掛了頭。
康熙帝在集中精力對付吳三桂的同時，對尚誌新和耿仲晶範二也沒有放松警惕。吳三桂問題基本解決後，他著手解決尚誌新、耿對清廷的威脅。早在尚誌信說自己“改造”了朝廷之後，就有人偷偷告訴尚誌信，他“心裏有兩頭”。皇帝命令尚誌信領兵前進潮州、湖南，尚誌信不聽命令。永安危難之時，先是袖手旁觀，不幫忙。後來雖然出道了，但還是命令總兵“止兵”。尚誌新“時而邀兵至湖南，時而邀兵至廣西，下令不發壹兵壹卒”。康熙帝對尚誌新的所作所為早有察覺，只是時機問題。此外，尚誌新還“以犧牲士兵為代價殺害無辜”(2)和“在廣東賣官濫民，沒收財產，重新征稅”(3)。康熙十九年(1680)六月，康熙帝下令在京城逮捕尚誌信，八月判他死刑。同時稱贊父親尚可喜忠於朝廷，“拒不服從”，並允許尚可喜的遺骨和家人遷到家鄉奉天海州。之後又將尚誌信部下十五名官兵分成上三旗，仍駐廣東，由另壹名將軍兼副司令負責；三連長把士兵做了記號，消滅了壹部分後，在他的管轄下建立了壹個新的將軍。尚、尚誌龍被免罪後，家中壯丁均分五員，韓力軍鑲黃旗。就這樣，徹底解決了廣東商之信的問題。同時，康熙十九年(1680)八月，以耿邀訪京為契機，斬斷耿軍權，移交法務部調查。終於在康熙二十壹年(1682)，以叛國罪被處死。
吳三桂、尚誌新、耿相繼被解決後，康熙帝為了穩定南疆，防止諸侯勢力卷土重來，對三大諸侯的部屬進行了妥善的處理和安置。下屬部隊編制改組，福州、廣州、荊州再派八旗駐防；三名俘虜名下的財產沒有全部被沒收；為了消除藩屬國的弊端，中央政府任命得力的地方官員進行清洗。這些措施的實施，基本解決了長期以來三俘統治地區與中央政令不壹、積弊太多的問題。至此，“舊金山”亂局徹底平息，撤出舊金山的目的基本達到。