瑪麗和博思韋爾的婚姻很快就不受蘇格蘭貴族的歡迎。他們震驚地發現，她可以嫁給壹個被指控殺害前夫的人，最後發動了反對她的軍隊。瑪麗和博思韋爾的軍隊加入了26名士兵，卡伯裏山領主，但沒有壹場戰鬥像瑪麗的軍隊壹樣被放棄。博思韋爾被允許離開，但瑪麗被囚禁在萊文湖城堡。瑪麗當然不想坐牢，她被迫放棄王位，把國家的主權交給她的小兒子國王詹姆斯六世。在城堡主人威廉·道格拉斯爵士的兄弟喬治·道格拉斯的幫助下，瑪麗終於逃離了萊文湖。她集結了軍隊，試圖奪回自己的王位，但被擊敗後逃到了英格蘭，希望能投靠自己的表妹女王伊麗莎白壹世，瑪麗希望伊麗莎白能幫她奪回蘇格蘭王位，伊麗莎白也沒有心情為瑪麗提供任何類似的善意和支持。伊麗莎白壹直反對瑪麗嫁給達恩利，因為瑪麗沒有征求她的意見。此外，伊麗莎白對瑪麗的真實感情還不得而知，但瑪麗壹到英國，伊麗莎白就對瑪麗的指控進行了調查，但最終得出了政治結論，使得新教* * *成為了首腦，瑪麗也受到了限制。瑪麗對英國王位的渴望開始蔓延。國王詹姆斯的攝政王馬裏伯爵遇刺，天主教伯爵領導的英格蘭北部叛亂讓伊麗莎白相信瑪麗可能是壹個威脅。這並不是因為發現了利多菲陰謀。諾福克公爵打算帶領西班牙軍隊讓瑪麗登上英國王位。諾福克被處決後，議會提出了壹項法案，禁止瑪麗成為女王。
然而，陰謀並沒有停止，每壹個連續的陰謀都是由天主教徒精心策劃的，通過天主教聖母瑪利亞登基。議會通過了結社法案，規定任何從反對女王的陰謀中獲益的人也可能面臨處決。當弗朗西斯·沃爾辛漢姆發現巴賓頓的陰謀時，他意識到如果他能把聖母瑪利亞和陰謀聯系起來，她可能會被處死。沃爾辛漢姆設計了壹個場景，通過與壹個共謀者交流來欺騙瑪麗。瑪麗在密文中表達了對謀殺表妹的支持，希望這能讓瑪麗獲得自由，成為英格蘭的天主教徒。
瑪麗已經允許她開始密謀反對1586 10在瑪麗被捕之前，伊麗莎白·沃爾辛漢姆就開始逮捕那些陰謀家了。瑪麗試圖逮捕，因為她看不到對她不利的證據，也不是壹個可以被判叛國罪的英國人，但她的辯護當然落在了她表妹的耳朵裏。瑪麗在65438年10月25日被判有罪，然後伊麗莎白在1587年2月25日簽署了死刑令。瑪麗在2月8日被斬首，但他連尊嚴都找不到。