軍區制度給拜占庭穩定的社會發展帶來了壹系列顯著的影響，因此很快成為在全國推行的壹種管理模式。但是，軍區制度的發展也有利於以大地產為後盾的軍事貴族的出現。侵蝕小農經濟、反對中央集權的武裝割據勢力的興起，是實行軍區制的必然副產品。因此，軍區體制本身從形成之初就孕育著深刻的矛盾。
拜占庭統治者不得不通過實行軍區制來有效應對外敵入侵，這就決定了他必須依賴和重用軍事貴族，這就為軍事貴族的成長提供了有利條件。同時，隨著軍區體制的演變和軍事貴族的發展，小農土地將被吞並，小農經濟必然衰落，進而瓦解軍區體制的經濟基礎。
拜占庭統治階級越是試圖通過相對獨立的地方管理來有效確保中央集權統治，就越是不可避免地要擴大地方權力，削弱中央集權，瓦解小農經濟基礎。拜占庭統治者無法克服中央集權和地方分裂、大小地產、大地主和小農(主要是農民和士兵)之間的矛盾。
換句話說，隨著軍區體制的發展，其自身毀滅的條件也同時形成。正是由於這些不可調和的矛盾的演變，才導致了適合拜占庭帝國的軍區制度的衰落，進而促成了拜占庭國家的滅亡。然而，軍區制畢竟是賦予拜占庭帝國新活力的大膽改革，其深遠的歷史意義不可否認。