面對皇帝朱允炆的器重，方孝孺壹直非常盡心地協助朱允炆。大家知道，朱允炆即位後不久，燕王朱迪發動了？京南之戰？。這場戰役從1399壹直持續到1402，期間所有的詔令和戰役都是方孝孺寫的。此外，在1401年，方孝孺建議朱允炆給燕王朱高熾寫壹封信，以使燕王發生內亂。但由於朱高熾收到信後沒有打開，而是直接交給了太子，越軌未果。
1402年，燕軍成功入侵南京，朱允炆放火燒南京，方孝孺入獄。因為曾答應姚不殺方孝孺，又想借方孝孺的名氣籠絡天下文人，所以壹開始並沒有殺方孝孺的打算。不僅如此，朱迪還想讓方孝孺為他上諭。然而，全心全意忠於文健的方孝孺指責朱迪篡位。他還說:？死了就死了。？
朱迪看到方曉茹如此？固執？，所以他也失去了耐心。最終，不僅方孝孺本人受到了朱迪的懲罰，而且他的人和學生也受到了牽連。除了封殺方孝孺，朱迪還下令禁止他的所有作品。可以看出，朱迪對方曉茹的不合作態度非常生氣。