面對皇帝朱允炆的器重,方孝孺壹直非常盡心地協助朱允炆。大家知道,朱允炆即位後不久,燕王朱迪發動了?京南之戰?。這場戰役從1399壹直持續到1402,期間所有的詔令和戰役都是方孝孺寫的。此外,在1401年,方孝孺建議朱允炆給燕王朱高熾寫壹封信,以使燕王發生內亂。但由於朱高熾收到信後沒有打開,而是直接交給了太子,越軌未果。
1402年,燕軍成功入侵南京,朱允炆放火燒南京,方孝孺入獄。因為曾答應姚不殺方孝孺,又想借方孝孺的名氣籠絡天下文人,所以壹開始並沒有殺方孝孺的打算。不僅如此,朱迪還想讓方孝孺為他上諭。然而,全心全意忠於文健的方孝孺指責朱迪篡位。他還說:?死了就死了。?
朱迪看到方曉茹如此?固執?,所以他也失去了耐心。最終,不僅方孝孺本人受到了朱迪的懲罰,而且他的人和學生也受到了牽連。除了封殺方孝孺,朱迪還下令禁止他的所有作品。可以看出,朱迪對方曉茹的不合作態度非常生氣。