壹、轉變經營方式巧籌劃
增值稅壹般納稅人在銷售貨物時壹般是根據進銷差價按照13%或者17%的稅率繳稅；而營業稅應稅勞務中的“服務業—代理”稅目的稅率僅為5%。如果物流企業能夠使自己從物資供應商的角色轉變為銷售代理商就可以實現節約稅收的目的。
案例壹：吉祥廠是壹家生產水泥的廠家，其產品的市場銷售價格為520元/噸（不含增值稅），如意公司為壹家物流公司，由於該公司每年可以為吉祥廠銷售30萬噸產品，所以享受500元/噸的優惠價格。現在有壹家廣廈房產企業需要購買5 000噸吉祥廠的水泥。
《增值稅暫行條例》規定，物流企業從上遊企業采購貨物再銷售給下遊企業屬於轉銷，應就轉銷中的差價征收增值稅，稅率為17%或者13%。財政部、國家稅務總局《關於增值稅營業稅若幹規定的通知》（財稅[1994]26號）規定，代理銷售行為不征收增值稅，只征收營業稅，但是代理行為須滿足下列條件：（壹）受托方不墊付資金；（二）銷貨方將發票開具給委托方，並由受托方將該項發票轉交給委托方；（三）受托方按銷售方實際收取的銷售額和增值稅額（如系代理進口貨物則為海關代征的增值稅額）與委托方結算貨款，並另外收取手續費。因此如果物流企業能夠實現將轉賣過程中的差價由交增值稅變為交營業稅則可以實現較大的稅收利益。
方案壹：廣廈集團直接從市場購買，則需資金5 000×520=260（萬元），吉祥廠需交納增值稅為260×17%=44.2（萬元），該增值稅實際上由廣廈集團承擔，所以廣廈集團應支付304.2萬元。
方案二：通過如意物流公司轉購。如意公司以500元/噸從吉祥廠進貨，以510元/噸的價格賣給廣廈集團。廣廈集團應支付購買價格為510×5 000=255（萬元），支付增值稅為255×17%=43.35（萬元），***計298.35萬元。如意物流公司從中賺取差價為10×5 000=5（萬元），需交納增值稅為5×17%=0.85（萬元），如意物流的純利潤為5－0.85=4.15（萬元）（忽略城建稅及教育費附加）。
方案三：如意物流進行代理銷售業務。廣廈集團按照510元/噸的價格直接到吉祥廠購買，如意物流收取吉祥廠5萬元代理費，則廣廈集團仍然只需支付298.35萬元，而如意物流所得的5萬元可以作為代理收入，只需按照5%繳納營業稅0.25萬元，如意物流的純利潤為5－0.25=4.75（萬元）（忽略城建稅及教育費附加）。
對比以上三種方案，對於如意物流而言，第三種方案的收益大於第二種方案。對於廣廈集團而言，第二種方案和第三種方案成本相同，均小於第壹種方案。因此綜合來看，第三種方案對於雙方都是有利的。
二、轉變合同形式妙節稅
由於季節性工作量的差異，物流企業往往將部分閑置的機器設備出租。按照稅法規定，財產租賃應按“服務業—租賃”5%的稅率繳納營業稅，如能按照裝卸作業則只需按照“交通運輸業”繳納3%的營業稅。
案例二：好運物流公司決定將兩臺大型裝卸設備以每月10萬元的價格出租給客戶甲，租期為半年。好運物流應當收取租金：10×6=60（萬元）。客戶甲除需支付60萬元的租賃費，還需安排2名操作人員，兩人半年的工資為6萬元。
方案壹：按照租賃合同執行，則好運物流應繳納的營業稅為60×5%=3（萬元），應納城市維護建設稅及教育費附加為3×（7%+3%）=0.3（萬元）。合計應納稅為3.3萬元。該公司純收入為60-3.3=56.7（萬元）。
方案二：如果好運物流將租賃合同變為異地作業合同，由物流公司派遣兩名操作人員並支付工資6萬元，為客戶甲提供裝卸服務的同時收取66萬元服務費，則好運物流按“交通運輸—裝卸搬運”稅目應繳納營業稅為66×3%=1.98（萬元），繳納城市維護建設稅及教育費附加為1.98×（7%+3%）=0.198（萬元）。該公司的純收入為：66－6－1.98－0.198=57.822（萬元），與未籌劃前相比增收1.122（萬元）。而且客戶甲不需要安排操作人員，雖然支付的費用相同，但是省去了很多不必要的麻煩，對合作雙方都有利。
三、分別核算好處多
案例三：順風物流公司是壹個集倉儲、運輸為壹體納入試點的大型物流企業並且為自開票納稅人，2007年該公司的總收入為4 000萬元，其中提供運輸收入為1 400萬元，提供倉儲和其他業務的收入為2 600萬元。
根據國家發改委等部門發布的《關於促進我國現代物流業發展的意見的通知》和國家稅務總局《關於試點物流企業有關稅收政策問題的通知》（國稅發[2005]208號）的規定，對國家發改委和國家稅務總局聯合確認納入試點名單的物流企業及所屬企業開展物流業務應按其收入性質分別核算。提供運輸勞務取得的運輸收入按“交通運輸業”稅目征收營業稅並開具貨物運輸業發票。凡未按規定分別核算其營業稅應稅收入的，壹律按“服務業”稅目征收營業稅。因此，對於那些納入試點的進行多種經營的物流企業來說，如果分別核算運輸、整理、倉儲、包裝等業務可以將稅率低的運輸業務按照3%稅率納稅；如果沒有分別核算則統壹按照5%稅率繳納營業稅。
如果該企業沒有分開核算各項業務，則應繳納的營業稅為4 000× 5%=200（萬元），應繳納的城市維護建設稅及教育費附加為200×（7%+3%）=20（萬元）。如果該企業分別核算運輸收入和其他收入，則應納營業稅為1 400×3%+2 600×5%=172（萬元），應繳納的城市維護建設稅及教育費附加為172×（7%+3%）=17.2（萬元）。比較可知，分開業務核算可以節省稅款200+20－172－17.2=30.8（萬元）。此外，對於代開票納稅的物流企業來說，根據《國家稅務總局關於貨物運輸業若幹稅收問題的通知》（國稅發[2004]88號），代開票納稅人從事聯運業務，其計征營業稅的營業額為代開票註明的營業稅應稅收入，不得減除支付給其他聯運合作方的各種費用，因此代開票納稅人在進行籌劃時應註意將支付給其他聯運企業的費用單獨分開，由聯運企業單獨開具發票，而不要合並開具發票。
四、內部承租有技巧
稅法對特定經營行為納稅義務人的界定，是以當事人是否領取了營業執照為標準，納稅人可以利用這壹判斷標準進行籌劃。
案例四：東方物流是壹家集裝卸、搬運、倉儲、租賃為壹體的綜合性物流公司，企業在向集團外部提供服務的同時也向集團內部提供服務，2006年企業決定將30間閑置廠房全部改造為門面房並以每間每年2萬元的優惠價格出租給內部職工6年。
根據國家稅務總局《關於企業出租不動產取得固定收入征收營業稅問題的批復》（國稅函[2001]78號）：企業以承租承包形式，將資產提供給內部職工或其他經營人員，在企業不提供產品、資金只提供門面、貨櫃或其他資產並收取固定的管理費用、利潤或其他名目的價款的前提下，如果承租者或者承包者領取了營業執照，企業屬於出租不動產或其他資產，企業向承包者或者承租者收取的全部價款，不論其名稱如何，均屬於從事租賃業務取得的收入，應按照“服務業—租賃”交納營業稅，如果該項資產是不動產（廠房、店面等），還要以租金收入作為計稅依據，交納房產稅；但是承包者或承租者未領取任何營業執照，則企業向其提供各種資產所收取的各種名目的價款，均屬於企業的內部分配行為，不征收營業稅。因此從節稅的角度考慮，企業對內部職工出租不動產時，應盡可能要求其不要辦理營業執照。
方案壹：承租人即內部職工領取營業執照。在這種情況下，東方物流應該繳納的營業稅為20 000×30×5%=30 000（元），應納城市維護建設稅及教育費附加為30 000×（7%+3%）=3 000（元），應繳納房產稅為600 000×12%=72 000（元），每年合計所承受的稅收負擔為30 000+3 000+72 000=105 000（元）。
方案二：出租時要求內部職工不辦理營業執照，並以本單位的名義對外經營。則該企業不用繳納每年105 000元的稅收，6年就可以節省稅款105 000×6=630 000（元）。