1、突變類型和數量：線粒體基因突變的類型和數量對於線粒體遺傳閾值效應起著重要作用。不同類型的突變可能對線粒體功能產生不同的影響，而多個突變的積累可能會使線粒體功能進壹步受損。
2、突變位置：突變位置也是影響線粒體遺傳閾值效應的重要因素。壹些突變發生在線粒體DNA（mtDNA）中編碼能量產生所需的蛋白質的基因上，會導致能量供應的減少。
3、能量需求：線粒體遺傳閾值效應受細胞的能量需求影響。