抗日戰爭時期，湖北省政府西遷恩施，國民黨高級將領陳誠主政湖北，制定了《新湖北建設規劃綱要》。根據教學大綱的規定，學院於1941年秋季正式恢復，校址選在恩施五峰山。1942年秋，湖北省政府通過元老院知名人士李四光，邀請國立西南聯合大學陳友松擔任校長。1942至1943秋季，學校增設了歷史、地理專業課，為期壹年的教師短期培訓班，招收音樂壹個班，體育壹個班，並設立附屬中學和附屬小學。但陳友松因與省教育廳原院長、廳長張及陳誠意見不合，於7月辭職回到西南聯大，1943。
1944年春，陳友松回到重慶後，呼籲國民政府將湖北省教育學院改組為國立大學。李四光對此大力支持，也積極奔走於各地，廣泛呼籲。國民政府教育部采納各方意見，將湖北教育學院改為國立湖北師範學院，又稱“國師”，隸屬於國民政府教育部，王殿基任首任校長。到1945，佛學院初具規模，設有教育、語文、英語、歷史、地理、數學、理化、音樂、體育八個系。抗日戰爭勝利後，各級機關和學校遷回後方。由於種種原因，佛門並沒有在其發源地復員，而是先到了江陵，再到了沙市。公元1948年5月，佛教徒回到武漢。學生提前入住武漢大學民族附屬醫院。
10九月到六月，先後搬到漢口唐家墩壹中和中山大道漢光中學。中國* * *地下黨加強了對佛學院學生運動的領導，佛學院成為漢口的學生運動中心。1949 7月16日，中南軍管會文教接管部接管民族師範學校，該校因當時沒有固定校區而停辦整頓。學校制作全部交給湖北教育學院，由國立師範大學繼續。