因急性呼吸道感染休息治療學生過多影響學校正常教學活動的，當地衛生行政部門應當組織專家組進行疫情風險評估，並根據風險評估結果與當地教育行政部門協商，向當地政府、甲型H1N1流感聯防聯控機制或者防控指揮部報告後，實施全校停課措施。學校停課期壹般為7天。停課期滿後，如學生仍有急性呼吸道感染癥狀，可在癥狀完全消失24小時後復課。
停課前，學校要向學生、家長和工作人員通報甲型H1N1流感情況，讓學生、家長和工作人員與學校保持聯系，報告是否出現急性呼吸道感染癥狀；中小學放假後，學生要少外出，避免校外聚會等集體活動。高校停課後，要加強對停課學生的管理。
停課期間出現急性呼吸道感染輕微癥狀，無需采集樣本檢測，可采取上述散發病例管理措施；有嚴重急性呼吸道感染癥狀的人群，或有急性呼吸道感染癥狀的高危人群，應及時就醫。學校壹旦發現學生出現急性呼吸道感染癥狀，應當及時向當地疾病預防控制機構報告。