災後第三天，5月15日，學校在校園操場上搭起條紋棚復課。幾天後，在綿竹市教育局的統壹組織下，近千名高三師生帶著必要的設備，轉移到德陽市衡山路學校，在“高溫”的帳篷裏復習備考。
在江蘇對口單位的大力支持下，在壹個多月的時間裏，綿竹板房區為學校搭建了300多間板房。2008年暑假，全體教職員工加班加點，奮戰在酷暑之中，把板房的功能壹個個分開，掛上牌子，搬進教學設備。終於在預定時間前具備了復課的條件，8月1日正式復課。學校板房校區教育教學秩序運行正常。
2009年，學校師生在板房校區，在艱苦條件下嚴格控制教學過程質量，各種措施清晰高效。當年高考，南軒中學大幅超額完成市縣目標任務，取得了輝煌的成績:文科統考錄取150人，藝術、體育統考錄取28人，共計178人，超額完成145人的目標。在去年在線人數的基礎上，增長率達到45.63%。以南軒中學2009級1班為例。以55人作為參考，本科50人，上線率91%，在普通高中的高考中確實不多見。
2010年春，江蘇援建的原校區重建，投資65438+7億元，全校已從板房校區搬回。