學校管理體制是“董事會領導下的校長負責制”。萬寧市負責教學基礎設施建設和教育經費投入，北師大投入師資、教學資源、教育品牌、團隊管理。董事會由萬寧市政府和北京師範大學組成，是雙方辦學決策、監督和協商的常設機構。
北京師範大學附屬萬寧中學校長是學校的法定代表人，在董事會領導下獨立行使辦學自主權，全面主持學校工作。校長由北師大面向全國公開招聘，培訓後聘任，實行任期制、目標考核制和問責制，每年接受董事會年度考核。所有教師面向全國公開招聘，實行教師聘任制和崗位責任制，實行過程考核和目標考核。北京師範大學秉承北師大“博學修身，濟世濟世”的辦學理念，承接優質教育資源，依托名校辦名校，堅持“全人育人”，采取精細化管理，打造品牌教師隊伍，創建海南省名校和國家示範中學。
學校建立了系統規範的規章制度，逐步形成了獨特的管理模式。貫徹“三個三”，即“三個十條”(校園十條禁令、教學管理十條規定、課堂教學十條規定)；“三大考核”(教師教學工作定期考核、班主任工作月度考核、行政幹部月度考核)；“三大課表”(常規教學課表、校本選修課表、食堂A/B周菜單)。實行全寄宿(含師生)、封閉式(主要指生活管理)、雙周放假制度等。，以先進細致的管理出成果。
學校註重德育教育，強調學生良好學習習慣和生活習慣的教育，註重德育過程中的心理健康和健全人格的教育，嚴格落實校園十面旗幟，每月制定專題教育主題，開展系列教育活動，實行“全人教育，全方位教育”，精心設計豐富多彩的學生社團活動，將愛國主義教育、道德教育、理想教育、禮儀教育、感恩教育、健康教育融入教育之中。教會學生“學習、做人、生活、創造”，努力培養“基礎紮實、特長明顯、素質全面、能力多樣、人格健全、適應能力強”的高素質人才。
學校堅持以質量求發展，以特色創名校，以名師鑄業績，以管理出效益。教育目標:學習，做人，生活。
辦學理念:傳承文明育人，註重品質，和諧發展(全人教育)
校訓:修身、博愛、美麗、創新
校風:和諧、文明、善良、勤奮
教風:崇尚真理，追求卓越，張揚個性，勇於創新
學習風格:勤奮，善於學習，樂於學習。