1，主管部門不壹樣
重慶市重點中學和重慶市教委直屬重點中學都是經重慶市人民政府批準設立的，但主管部門不同。重慶市重點中學的主管部門是區縣教委，重慶市教委直屬的重慶市重點中學的主管部門是重慶市教委。
2.學校數量不同。
重慶市教委直屬重點中學7所，分別是重慶壹中、重慶南開中學、重慶八中、重慶巴蜀中學、重慶外國語學校、西南大學附屬中學、重慶育才中學。重慶市重點中學包括重慶市教委直屬的7所學校。截止2013年4月，重慶市重點中學實際總人數為136人。
3.學校位置不壹樣。
重慶市教委直屬的7所重點中學位於重慶市主城區，重慶市第壹中學(沙坪壩區)、重慶市南開中學(沙坪壩區)、重慶市第八中學(渝北區)、重慶市巴蜀中學(渝中區)、重慶外國語學校(九龍坡區)、西南大學附屬中學(北碚區)、重慶市育才中學(九龍坡區)，其他重慶市重點中學位於重慶市各縣市。
4.教育經費的不同來源。
重慶市教委直屬的7所重點中學的教育經費不僅來自區級財政，還有重慶市教委直接撥付的教育經費，而其他重慶市重點中學的教育經費主要來自區級財政。
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