在酵母轉化酶、麥芽糖酶、釀造酶等酶的作用下，面團中的糖分分解為酒精和二氧化碳，還有各種微生物酶的復合作用，在面團中產生各種糖類、氨基酸、有機酸、酯類，使面團變得清香。這個復雜的過程被稱為面團發酵。
面團發酵中的生化變化；
1糖的變化
面團中所含的可溶性糖有單糖和雙糖。單糖主要是葡萄糖和果糖。二糖主要是蔗糖、麥芽糖和乳糖。單糖可以被酵母釀造酶直接發酵產生酒精和二氧化碳。二糖不直接發酵，最終產生酒精和二氧化碳。
2澱粉的變化
澱粉在發酵過程中會被澱粉酶分解成麥芽糖。
3蛋白質的變化
蛋白質被小麥本身攜帶的蛋白酶分解。這種蛋白質分解只是極少量，最後得到的是少量的氨基酸。
4反應生成酸
同時會產生各種有機酸，降低面團的酸堿度。這些有機酸主要是乳酸，還有少量的乙酸、甲酸和琥珀酸。
5種酯化合物的形成
上述有機酸與醇反應得到酯化合物。
6、羰基化合物的生成
羰基化合物，主要是醛和酮。不飽和脂肪酸，只有起酥油、奶油、植物油等才能感受到。添加了面粉中已有的油脂成分或輔料。在小麥粉中少量脂肪酶和空氣中氧氣的作用下，先被氧化成氧化物，再在酵母分泌的酶的作用下，生成多種復雜的醛酮。