采編部負責圖書館中外文圖書的采訪、加工和編目工作，根據工作性質分為采訪組和編目組。采訪組根據學校教學科研需要和年度經費，制定采購計劃，采購中外文圖書，適量采購光盤、標準、產品樣本等資料，完成全館圖書年度采購任務，負責館內圖書驗收。編目組對驗收後的圖書進行加工、分類、編目，將圖書信息輸入書目數據庫，修改後發送給館藏。圖書采編是圖書館藏書、閱讀和流通的基礎和保證。
技術部
技術部門是圖書館現代化管理的中心，主要負責全館計算機系統和網絡的建設，各部門應用子系統和數據庫的維護，以保證全館各部門業務工作的正常運行。同時，技術部還負責圖書館相關軟件的開發，以滿足現代化管理的需要。
信息咨詢部(1-2區)
信息咨詢部正在為領導決策、科研立項、成果鑒定、課題查新、網上信息查詢等提供信息檢索咨詢服務。服務內容包括:科技查新、代查代檢、SCI/EI檢索咨詢與認證、數據庫開發、介紹與使用、網絡信息導航、國內外文獻傳遞、科技信息檢索教學與培訓、信息咨詢服務、自建數據庫建設、電子閱讀、工具書閱讀等服務。此外，二校區信息咨詢部還負責接收論文和電子版博士學位論文，並進行審核、網上發布和提交指導。
讀者服務部(1區和2區，民用建築)
圖書借閱部負責圖書館圖書的借閱和歸還，實行藏、借、閱壹體化管理，即每個室既是該類圖書的收藏室，又是該類圖書的閱覽室，同時承擔該類圖書的借閱和歸還工作，打破了傳統圖書館藏、借、閱分離的局面，是壹種現代化的圖書館管理方式。圖書借閱部實行全部開架，方便讀者自由選書。書架旁邊有閱讀桌椅供讀者使用，每個房間的出口直接辦理借書手續。圖書借閱部還負責讀者借書證、圖書預約和館際互借。
國防工程文獻閱覽室
CALIS中心:“中國高等教育文獻保障系統”(CALIS)是“工程211”的公共服務系統項目。其目標是以“CERNET”為基礎，按照“統籌規劃、合理布局、相對集中、共同保障”的建設原則，建立中國高校學術信息網。1998年底，隨著國家項目批復完成，資金到位，CALIS正式上線，各項建設全面鋪開。1999 10中華人民共和國教育部批準CALIS管理中心上報的《關於在哈爾濱工業大學增設東北文獻信息服務中心的請示》，10月25日國家計委社會發展司發文同意增設東北國防文獻信息服務中心。該中心不僅是壹個學科中心，也是東北地區文獻信息中心的重要組成部分。將發揮其在國防工程文獻方面的優勢，服務於國防工程學科，服務於東北地區“211工程”院校。“九五”期間，中心的主要建設任務是:購置必要的網絡服務設備，完成與重要國防科研機構信息服務系統的聯網，按照CALIS項目的統壹要求聯合編目高校書刊，引進和建設國防工程特色數據庫。為實現“211工程”總體建設目標打下堅實基礎。
辦公室
辦公室負責全館的日常接待、安全、防火、人事、會計、總務管理，並負責圖書證的領取。辦公室是圖書館後勤的保障。