現任館長是陳思和教授。圖書館的工作部門有:采訪部、編目部、文科流通部、理科流通部、醫學流通部、報刊部、古籍部、數字化部、參考咨詢部、科技查新工作站、文獻檢索教研室、辦公室、綜合業務部、國際交流部、學術期刊編輯部。復旦大學圖書館是中國高校圖書情報工作指導委員會副主任，是CASHL(中國學術人文社會科學圖書館)兩大國家中心圖書館之壹。有教育部面向全國和華東地區的外文教材中心，教育部外文圖書引進中心書庫，歐盟圖書架，教育部科技查新工作站(綜合類)，上海市科委科技查新站(計算機和生物)，全國醫學文獻檢索教學研究會理事長兼秘書處，圖書館學碩士培養中心， 並承擔了《中國索引》和《上海高校圖書情報工作研究》兩本雜誌的編輯出版工作。 館長室、文科報刊閱覽室、古籍部、辦公室采訪部、科學發行部、文科發行部(借書還書、發放許可證、離校)數字化部外文教材中心參考咨詢部教師研究生閱覽室復旦人民著作展覽室綜合業務部國際交流部科學棧、 文科外文圖書引進中心書庫編目部理科報刊閱覽室文科生閱覽室數字化制作室文字復印室期刊部(文獻傳遞)上海大學圖書情報學期刊主編中國索引學會學位論文閱覽室(論文投稿)張江圖書館借閱室、醫學流通部； 科技查新站文獻檢索教研室；張江圖書館報紙閱覽室