2004年實施西擴工程，規劃面積增加4平方公裏。
2005年，通州經濟開發區被南通市委市政府授予“2005年度開發區首屆先進單位”稱號，成為蘇中首家通過ISO14000環境質量管理體系認證的省級開發區。
2006年，通州市委市政府積極推進開發區南擴工程，規劃控制面積30平方公裏。
2009年7月18日與蘇州相城經濟開發區結成友好開發區。
2011 10 6月14日，通州經濟技術開發區更名為南通高新技術產業開發區。
2012年8月2日，南通高新技術產業開發區成立總工會。
2013 10 6月10日，南通高新區通過省級生態工業園區驗收。
2014，1年6月，經國務院批準，同意南通高新技術產業開發區升級為國家高新技術產業開發區，執行國家高新技術產業開發區現行政策。