由於病毒沒有化石，科學家對真正的古病毒知之甚少，他們很難確切知道病毒的起源。但是科學家提出了三種理論試圖解釋病毒的起源。
第壹種理論叫做“第壹病毒理論”。持有這壹理論的科學家認為，當生命進化時，有的選擇進化成細菌、真菌和單細胞生物，有的進化成病毒。根據這壹理論，病毒最早誕生於4.6億年前。
第二個理論是“還原理論”。這種理論認為病毒是由具有寄生功能的單細胞生物體“退化”而來的。單細胞生物從DNA生物降為RNA生物。如果病毒是這樣誕生的，科學家估計病毒最早誕生於3.7億年前。
三是“脫離理論”。根據脫離論，自然界只有細菌、真菌和單細胞生物。由於某種原因，它們的壹些遺傳物質分離並存活下來，然後逐漸進化成病毒。如果病毒是這樣來的，那麽病毒的誕生日期就是2.6億年前。