三沙市为地级市，市长由三沙市人民代表大会选举产生，市长兼市委书记为肖杰，副市长三人分别为张耕、张军、冯文海。人大常委会主任符戆。而司法机关的人民法院为罗毅刚，人民检察院院长由陈亚春担任。
2014年7月26日，海南三沙市永兴（镇）工作委员会、管理委员会26当天上午在三沙市永兴岛挂牌。这是三沙市以来在沿海海域设立的第三个派出机构。