顯隱性基因的判斷方法有兩種，分別是
1、正推法：純合子雜交後，子代容易顯現出來的性狀就是顯性，如高莖A，矮莖為a，用純合子高莖AA與純合子矮莖aa雜交，子代表現出高莖，則高莖為顯性性狀，故A基因為顯性基因。
2、反推法：雜合體（Aa)雜交後，子代會出現性狀分離，則新出現的性狀為隱性，控制的基因也就為隱性基因嘍。如高莖Aa與高莖Aa自交，子代出現高莖和矮莖，則矮莖是新出現的性狀為隱性，故a為隱性基因。（無中生有，“有”為隱，指親本沒有的性狀，子代卻表現出來的）
關於顯性基因和隱性基因的具體體現如下：
1、顯性基因（dominantallele）是控制顯性性狀發育的基因。在二倍體生物中，雜合狀態下能在表型中得到表現的基因，稱為顯性基因，通常用壹個大寫的英文字母來表示。
顯性基因常能形成壹種有功能的物質（如酶），而它的隱性等位基因則由於相應的核苷酸發生了突變而不能產生這種物質，所以在雜合體中只有顯性基因能表現出正常的功能（顯性）;
2、隱性基因由於相應的核苷酸發生了突變而不能產生這種物質，所以在雜合體中只有顯性基因能表現出正常的功能（顯性），而隱性基因則不能表現。
特別是催化細胞化學反應的酶，用量極微，而且可以循環使用，所以單靠顯性基因所產生的酶，就可以維持正常的表型，於是隱性基因的效應就被掩蓋起來。