11座車站中4站可轉乘，十三號線首期工程起始於魚珠站，沿海員路、黃埔東路、舊107國道、新塘大道西延線、新107國道敷設，至新沙公路象頸嶺站，線路主要經過黃埔區、增城區。線路全長27.03公裏，設魚珠、豐樂路、文園、廟頭、夏園、南崗、溫湧路、東洲、新塘、官湖、象頸嶺等11座車站（站名為暫定名），均為地下站，平均站間距約2.6km；設轉線站4座，分別為魚珠站與五號線轉乘，豐樂路站與七號線轉乘，夏園站與五號線轉乘，新塘站與十六號線、穗莞深城際線轉乘，官湖站與23號線轉乘；在官湖站南側設置車廠（含控制中心）1座，在夏園、新塘站附近各設置1座主變電站。
值得註意的是，《廣州市軌道交通2015 年建設規劃環境影響報告書》審查意見指出“象頸嶺位於飲用水源保護區範圍內的車廠須重新選址”。因此，已將車廠另外選址在官湖站的南側。