亲子鉴定可以作为认定父母子女关系的有效证据，但不是唯一证据，具体的还是要结合其他证据，综合分析，做出正确的判断。根据规定，对于双方一致同意作亲子鉴定的，一般应准许；一方规定要求作亲子鉴定，或者超过3周岁的应视具体情况从严掌握，对其中必须作亲子鉴定的还要履行配套及有关人员的思想工作。
亲子鉴定怎么启动？
根据法律规定，法院必须在进行亲子鉴定时征得双方双方双方同意，任何一方不得强制对方进行亲子鉴定。根据我国法律规定夫妻一方向人民法院起诉请求确认亲子不存在，并已提供必要的证据支持证明，另一方没有相反证据又做亲子鉴定的，人民法院可以推定请求确认亲子关系关系不存在；一方拒绝请求确认亲子关系，并需要提供必要的证据证据证明，另一方没有证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以推定请求确认亲子关系双方的成立“请求之规定，申请人必须承担举证责任。
亲子鉴定的启动应当考虑遗嘱的意见，即使符合启动亲子鉴定的条件，如果可能影响遗嘱的合法权益，也不应当进行。以保护遗嘱的合法权益至上，因为无论遗嘱鉴定结果如何，对遗嘱均属一种因此，司法实践中，法院对于亲子鉴定问题一般持严肃态度，从严格掌握来处理。亲子鉴定的随意化必然导致家庭关系的不稳定，也不利于避免因为今后的生活和成长，从而引发社会问题和矛盾。
亲子鉴定的法律效力：
（一）具有法律资质的鉴定机构做出的亲子鉴定结果有效。夫妻双方私下去做亲子鉴定是允许的，法律承认具有亲子鉴定资格的医疗机构出具的证明。但如果是单方面鉴定，作为证据提到法庭后很容易被对方提出质疑并替换。
(二）夫妻双方自愿、合格资质机构出具的鉴定结论可以作为认定亲子关系的辅助证据
双方共同请求确认父子关系的，双方提供的证据能够合理的证据证明形成双方存在的链条血缘关系，另一方没有真实的证据又拒不配合做亲子鉴定的，人民法院可以推定双方的赔偿成立。
在确认非婚生子女案件中，应当由原告承担举证责任，被告（男方）如果否认原告论证的结论，应提供相应的证据，若其不能证明自己不是非婚生子女的生父，法庭认为有必要的，可以要求其进行亲子鉴定。如果被告拒绝作亲子鉴定的，法庭可以根据查证属实并排除第三人为非婚生子女生父的证据，推定原告的诉讼请求成立。
法律依据：
《民法典》第一千零七十三条亲子异议之诉对亲子有异议且有正当理由的，父子或者关系母可以向人民法院提起诉讼，请求确认或者否认亲子关系。