萬歷二年，明占州右後衛指揮王高造反，遼東連長李將其殺死。王高的兒子阿泰·張靜，在萬歷十壹年逃亡造反。李收買了女真特務，從內部攻打城。努爾哈赤父親過失殺人。努爾哈赤對明懷恨在心，集十三副鎧甲，誓要報仇。李與努爾哈赤的父親交好，有選擇地讓努爾哈赤成長為擁有40萬大軍的明朝。萬歷十壹年，努爾哈赤攻下輪城、甲板城，萬歷十二年，攻下趙佳城，活捉明將軍戴笠。萬歷十三年，擊敗女真蘇克蘇武部和董哲部，勝過吉林崖。萬歷十四年，鵝攻，萬歷十五年，女真部破，萬歷十六年，女真統壹。
萬歷二十壹年攻克殷娜路和朱社日路。於山打敗了海西女真部。由於海西女真實力雄厚，努爾哈赤采取分而治之的辦法，於萬歷四十三年統壹了海西女真，並於萬歷四十四年建立了晉國(後金)。至此，努爾哈赤基本統壹了女真各部。另壹方面，遼東的明軍基本沒有采取什麽大的軍事行動，這對於以遼東為軍事要地(軍事控制區)的明帝國來說，顯然是不正常的。最明顯的解釋就是遼東李氏家族隱瞞了努爾哈赤在各地的進攻行動，其動機至今不明。可能是土匪擁軍(向朝廷要錢)，也可能是所謂的親戚關系(李與努爾哈赤是姻親)。
古人雲:“不治病，可以治，不治病，可以治。”。總之，帝國失去了消除隱患的最佳時機。萬歷四十六年，努爾哈赤發表《為明朝說話》，率兩萬大軍進攻遼東明軍，攻克撫順東部要塞和大都，數月後攻克撫順，屠城撫順。沈陽、錦州戒備森嚴，於是金軍從撫順撤退。這場戰爭震驚了以高陽為遼東戰略的明帝國，率領20多萬兵馬平叛。
這是薩爾胡戰役的開始。薩爾滸之戰的失敗其實對整個帝國的硬實力影響不大，改變不了明強金弱的局面。這場戰爭的破壞在於人們的內心。如果快速反應，派出得力幹將負責大局，明軍還能打第壹仗，但帝國忙於黨政內鬥，未能及時應對，導致帝國在遼東士氣盡失。短短幾個月，數百座堡壘裏的明軍不戰而逃，遼東的守衛也成了空城。這造成了可怕的多米諾骨牌效應。遼東有幾十萬漢人流民，然後努爾哈赤攻占了鐵嶺和開原。關外的明軍守城只剩下沈陽。至此，自朱茂元璋以來明帝國在遼東200多年的運作基本上告吹了。天啟二年，努爾哈赤攻打廣寧。由於孫將軍的反叛，明朝遼東巡撫被打敗了。遼東沒有軍隊的時候，他要帶領幾十萬流民入關。至此，明軍失去了遼東全境。
天啟二年，明帝國啟用兵部右侍郎孫承宗，封兵部尚書、東葛大學士。受命處理遼東事務，孫承宗親自趕赴山海關，多次冒險入關。最後，他采取了類似於唐朝清剿突厥的策略，即以築堅城為戰略支撐點，以軍築堡為屏障，建立新軍(遼軍)為機動力量，連接各個戰略支撐點。結果證明這壹策略極其有效。短短四年時間，孫承宗收復了數千裏失地，有效殺傷了後金有生力量，基本建立了關寧、寧晉防線。這壹時期，明軍雖然沒有發動大規模戰役，但基本上在遼東重新站穩了腳跟。因此，孫承宗在陸和都得到了很高的評價。
登臨之戰後，金占領遼東後，帝國與遼東半島的聯系基本中斷。總政使袁可立寫道“登臨北岸只有旅順口，為咽喉將軍區，宜得將軍，在魯兵提水。”於是天啟第二年，結越總督被授予登萊。那時候，登來順順已經失陷了，袁可立領著家人走了。當土匪袁可立獨自騎馬投入戰鬥時，袁可立在他到達後的幾個月內就利用了這個組織。收復金、府、蓋三圍、旅順，取得東江大捷，基本消滅後金正藍旗。這場戰爭可謂是明軍反擊中最漂亮的壹場。
六合戰役天啟五年山海關總連長馬士龍從報務員劉伯禪口中得知，金絲貝皇太極駐守耀州，兵力不足三百人。馬士龍喜出望外，山海關的士兵從娘娘宮渡河，潛入耀州。結果暴露了，被8金軍突襲，覺華島這邊原來的兵馬沒到。結果，迎客先鋒賈戰死，明軍壹半兵力受損。
天啟六年，杜詩孫承宗被魏忠賢陷害，高帝接替了孫承宗的位置。高帝怕死，沒有要求朝廷拆城撤兵。遼東又淪陷了。
寧遠守備司令袁崇煥在寧遠戰役天啟六年撤軍時拒不離開。當年壹月，努爾哈赤領兵攻寧遠，袁崇煥為三壁各拔壹萬守軍，帶壹萬兵馬坐鎮中城。努爾哈赤繼續進攻了幾個月，卻因為明軍眾多的火炮而傷亡慘重。(努爾哈赤本人極有可能身受重傷。)五月，金軍傷亡太多(明史說死傷300人)。
寧晉天啟六年，袁崇煥被任命為遼東巡撫，高第被彈劾。後來金可汗被皇太極繼承。同年，袁崇煥派人與皇太極講和，為恢復寧晉和關寧防線爭取時間。皇太極也趁機攻占了朝鮮平壤，解決了後方。雙方都在為即將到來的戰爭做準備。天啟七年正月，皇太極以明軍在大淩河築城為借口，率領旗軍十二萬大軍攻明。五月初，金軍八軍到達廣寧，明軍退守錦州。8金軍合圍錦州，連長趙率教在錦州監守工事，於是帶領明軍堅守守城，不斷假裝投降以拖延8金軍。連長滿貴也派兵攔截金軍糧道，騷擾金軍。5月底，金軍連續進攻15天，士氣低落。而明軍遲遲不派主力來援，也使金軍圍點來援的計劃落空。皇太極只好暫時放棄錦州，進攻入關必經之地寧遠。袁崇煥守中城，總兵孫祖壽、徐定國守西，祖大壽守東，用火器進攻，夾擊、分割兩側的金軍，最後進攻關寧鐵騎。金軍大敗，皇太極的堂弟受了重傷。皇太極不得不退兵攻打錦州。結果，他被趙率教打敗了，由於大量的減員，他不得不撤回他的部隊。這場戰爭是由明帝國慶祝。
丁卯之戰(此役爭議主要在晉末與朝鮮之間，此處僅節選與明軍有關的部分)天啟七年正月後，太子劉金率軍四萬攻鐵山，大皇子阿敏攻從雲島。毛龍文在正月十五的晚上襲擊了阿敏，殺死了數百人，但他自己也殺死了700多人。17日，他殺了2000多名女真族士兵。阿敏對朝鮮無船可乘，毛伺機而動，先後出擊斬首然而，毛的說法與許多史料不符，不僅是清朝的史料，朝鮮的史料也是如此。
崇禎元年七月，袁崇煥回來了。崇禎二年，金王皇太極率蒙古軍。共有10萬人繞過蒙古高原，從山西進入中原。在此期間，數十萬人遭到屠殺。袁崇煥奉命回師李，卻始終沒有出動主力，為朝官和後人所詬病。然而，實際上，袁崇煥是在尋找拳手。從之前的戰鬥來看，他要想打贏明軍，就得堅持下去。此時袁崇煥心中的堅城是北京，但袁崇煥顯然沒有他的老師孫承宗那樣的戰略眼光和政治胸懷，首都的政治意義也不允許用它做擋箭牌。在崇禎的壹再命令下，袁崇煥終於越過了金軍，趕到了北京。然而，他要求軍隊進入首都，然後他的要求被拒絕。袁只好在城外屯兵，與金軍作戰。在祖大壽、滿貴、劉應國等人的全力配合下，最終擊退了金軍，但明帝國的核心統治區卻遭到了嚴重的破壞。
晉松之戰，崇禎四年，皇太極借口祖大壽假投降，攻打錦州。如果拿下山海關，必須先拿下山海關外的四城(松山、興山、寧遠、錦州)，錦州是四城之首。首戰，祖大壽進攻清軍，擊敗進攻寧遠的多多。皇太極吸取了長期攻打寧遠的教訓，制定了長期包圍孤城的策略，然後投降，在寧遠、在漢建益州城。皇太極暗中聯系內蒙人，內蒙人趁機作亂。錦州外城內外攻陷，其余明軍退入內城。祖大壽不得不向朝廷告急，崇禎命山海關連長洪承疇等七名總兵馳援錦州。敵人勢大，我們要靜觀其變，但是朝廷無力支付，於是洪承疇下令十萬兵馬只帶三天的糧草，而洪承疇沒有帶全糧草，這就意味著他要麽給自己留退路，要麽給朝廷壹個交代。但是，這個決定將明軍送進了死胡同。在清軍的伏擊攔截下，明軍退守松山，糧草多在筆架山。但也給追擊的清軍以有力的打擊。皇太極對戰敗很生氣，於是率領主力出戰，趁著決戰之機突襲明軍糧倉筆架山。筆架山上有很多明兵器，本來可以首戰，但是守軍率先逃跑，導致軍隊潰敗。明軍在晉松戰役中的徹底失敗，標誌著遼東防禦體系的崩潰，遼東已無精銳之兵。
宣大抗清崇禎九年九月，清軍沿大通、傅玄入侵，掠奪京畿地區。清軍把漢族女子濃妝裝上車，掛“百官免送”的牌，侮辱明軍。但明軍怕野戰，勤王之師皆遊於京師，而不肯迎敵。崇禎只好召回兵部侍郎、東南叛亂右副都盧象升，然後把尚方寶劍交給三軍總督。首都解除警報後，鑒於遼東局勢完全被侵蝕，明廷下令盧象升巡撫宣府、大同、山西。此時，傅玄和大同已名存實亡。盧象升到達後，耕種土地準備食物，修復城墻，期間多次擊退蒙古炭乞進攻。崇禎十年五月，清軍進攻山海關，摧毀山海關正門，殺死明朝總督吳阿衡，將進攻前哨推至牛欄。崇禎又召回了盧象升，第三次把寶劍送給了他，讓他做了天下兵馬的總督，但實際上盧象升控制的兵馬只有兩萬。崇禎十年八月，皇太極以太子瑞多爾袞為大將軍，貝勒嶽托為揚威將軍，貝勒杜杜為副相。他兵分兩路伐明，從密雲突破長城，駐守通州。崇禎十壹年，盧象升進軍巨鹿，關寧鐵騎鎮守雞澤，盧象升派人策應關寧兵馬。但由於兵力太少，關寧軍拒絕接受盧象升的調遣，明軍又因相互牽制而難以發起反擊。當時，孫承宗因屢遭詆毀而不得不辭職，隱居在家鄉萊文。清軍得知後，攻打萊文，多次派人向孫承宗投降。孫承宗不予理會，組織城中百姓死守城池。11月，清軍發起進攻。萊文的百姓，下至婦孺，紛紛向清軍投擲石塊。破城後，清軍俘虜了孫承宗，孫承宗向北京方向拜了九拜，然後自殺。他所有的人都被屠殺了。消息傳回北京，崇禎痛哭，盧象升非常驚訝。這時，盧象升決定以死報效國家。12月，盧象升向好水橋進軍，遭遇清軍主力。以虎大尉為左翼，楊為右翼，親自率領中軍架起大炮，在野外與清軍決戰。從清晨到黃昏，明軍兵力遠不如清軍，關寧的兵馬不肯前來援助。所有在盧象升的士兵都被殺或受傷。清軍也感嘆明軍從未遇到過如此強大的野戰能力。最終，清軍幾輪圍剿後，盧象升自知必輸，揮劍高喊:“將軍死了，卻毫無進展。”然後騰躍進敵陣，身中四箭三刀而死。宣大抗清是明帝國與清廷最後壹次大決戰。從此，帝國基本失去了對北方的控制，滅亡只是時間問題。
順治元年，清廷調動了滿蒙漢三軍，幾乎他們窩在攝政王多爾袞的帶領下，南下了。當年四月，順軍進京，明思宗朱由檢在景山公園上吊自殺。至此，“明”作為國家政權的時代宣告結束。多爾袞得知後，本想繼續按原路線行軍，卻在。此時，駐守山海關的阿明軍隊向順軍投降，於是吳三桂與順軍展開了激烈的戰鬥。順軍援軍到達山海關西羅城，吳三桂即將被擊潰。清軍快馬加鞭南下，吳三桂翻身下馬迎敵。在清軍的幫助下，順軍很快被擊敗。此時山海關門戶大開，李自成再次在京稱帝(李自成壹月在安稱帝)，倉皇而逃。10月，清軍進攻太原、晉東南、長治；十二月，潼關失陷；大順都城Xi安失陷；順治二年四月，九江大敗；五月，李自成在湖南被鄉親殺害，大順滅亡。由於大順沒有完善的官僚體系，加上多年來對中原的極大破壞(叛軍每過壹個城市都會拆城放火)，順軍幾乎沒有堅固的城池可以依靠，李自成越疑越殺，最終大順政權迅速瓦解。但就階級鬥爭而言，李自成確實是梟雄之輩，不必過多批判。清軍的進入，為以後中國的統治奠定了基礎。
順治十八年，民族大融合，吳三桂入緬，摧毀了南明李詠朝廷，南明從此退出歷史舞臺。但當時各地反清活動依然此起彼伏，滿漢民族矛盾依然激烈。大清帝國的統治者對漢族和蒙古族非常警惕。這種情況隨著時間的推移逐漸改變。到明朝末年，壹百多年過去了，漢族和滿族的民族矛盾減弱了，帝國統治者的觀念也發生了變化。乾隆四十壹年，乾隆皇帝正式提出編《兩官誌》、《奸臣列傳》、《忠臣列傳》。明末，孫承宗、袁崇煥、史可法、盧象升等著名反清將領在《忠臣列傳》中得到高度評價和記載，揚州、嘉定軍民在反清中表現出的氣節得到肯定。先降後叛的吳三桂等人在《奸臣列傳》中有所記載並受到嚴厲批判，而洪承疇和錢在《二吏列傳》中有所記載，極具諷刺意味。大清帝國上層才真正完成了從外人到帝國統治者的思想轉變。