1993年3月，武夷山民航站按照機場屬地管理，由地方政府投資建設，自主經營，自行發展，民航實行行業管理。是壹個集空中交通管制、油料、運輸服務、地面保障為壹體，事業性質、企業化管理的地方民航站。1994年6月，武夷山機場被國務院批準為福建省第二個國家壹類航空口岸。
機場導航改善了當地的交通結構。從1994到2003年，武夷山機場連續實現10個安全年，安全航班32949 * *架次，運送旅客247萬人次，貨郵10954噸，三項航運指數年均增長分別達到17.30%、22.28%、22.28%。在全國130多個民航機場中，年旅客吞吐量壹直處於前50名左右。被視為華東地區投資最少、效益好、發展最快的機場之壹，也是國內運營較好的支線機場之壹。
2002年5月16日，武夷山民航站與廈門航空發展服務公司合作重組，雙方投資108萬元成立武夷山機場有限公司..為了規範有限責任公司，新公司建立了完善的現代公司治理結構。公司成立後，依托武夷山豐富的旅遊資源拓展業務空間，本著“安全、優質、誠信、創新”的經營宗旨和“公開、公平、公正”的原則發展主營業務，確保武夷山機場的中立運營，受到行業內外的壹致好評，取得了良好的社會效益和經濟效益。機場先後開通了武夷山至廈門、福州、北京、上海、廣州、深圳、大連、南京、天津、長春、常州、杭州、溫州、Xi安、武漢、寧波、濟南、珠海、海口、汕頭、鄭州、沈陽、晉江、舟山、昆明、港澳等30條國內及地區航線，年均客座率。
新公司引進廈航先進科學的現代企業管理方法，對內註重管理，對外註重市場，積極推進以標準化、程序化、制度化為核心的標準化基礎管理和運作，通過績效與激勵相結合激活用人機制，完善分配機制，加強成本核算和控制，加快員工培訓步伐，提高全員素質和企業意識，將企業管理納入規範化軌道，激發員工創業熱情。公司成立當年，機場扭虧為盈，實現利潤654.38+0.884萬元。
公司將在機場總體規劃的基礎上，加大機場建設和技術改造的投入，以預測結果為標準值，合理安排各類機場設施的規模。
逐步完善功能，提升機場運營水平，通過引入ISO9000質量認證體系，全方位提升服務保障質量，打造具有公司特色的服務品牌，努力為航空公司和貨主開拓武夷山航空市場、提供壹流服務創造最佳的內外部環境。
2011年3月28日，廈門國際機場集團有限公司與武夷山市政府正式簽署協議。廈門國際機場集團有限公司出資65438+9800萬元收購武夷山機場65%股權，其余35%股權由武夷山民航站持有。2011 5月31日完成股權收購的工商審批手續。