1.觀察員人數和完成時間。病例對照研究中需要觀察的人數較少，調查完成後完成現場工作，無需隨訪。所以比隊列研究經濟得多。如果要用隊列方法研究罕見病，幾乎所有的主要精力都要花在對未患病者的隨訪上。假設計劃研究母親在受孕前後使用雌激素是否會增加其子女患先天性心臟病的風險。假設未暴露婦女每1，000次分娩中有8次患有先天性心臟病，為了找出可能高於1次的風險(RR=2)，隊列研究需要觀察3889名暴露婦女和3889名未暴露婦女的妊娠結果[用公式(附件5-18)設α=0.05。但如果采用病例對照法，暴露女性比例為0.30，則所需樣本量可用公式(附件5-14)或其簡化公式估算。在相同條件下(α=0.05，β=.10，RR=2)，只需要188例病例和對照，由此可見，
主要是因為這個問題，雖然隊列研究有兩個優點，但在癌癥(壹種發病率為萬分之幾到萬分之幾的罕見疾病)的流行病學研究中，仍然主要采用病例對照的方法。
2.研究因素的數量病例對照研究在壹項研究中，可以同時研究多種因素與疾病之間的關系。當壹種疾病的病因未知時，探索多種可能因素的作用更為合適，即可以用來驗證壹個特定的假說，生成假說。隊列研究可以同時考察壹個因素與多種疾病的關系。對於壹個具有廣泛危險效應的因素，只有通過前瞻性隊列研究才能充分揭示其效應，尤其是長期健康效應。
3.偏見的可能性
⑴選擇偏倚:疾病的對照研究中出現選擇偏倚的可能性較大，尤其是以住院患者為對象時。但隊列研究中也可能出現選擇偏倚，如自願參與、研究開始時未發現的潛伏性疾病、回顧性隊列研究中部分受試者記錄缺失或不完整等，都是偏倚的來源。
⑵信息偏差:病例對照法要求被調查者回憶過去幾個因素的暴露史，存在記憶偏差的可能性較大；隊列法關於暴露和結局的信息不依賴於記憶，因此是客觀的。由於隨訪時間長，隊列研究可能會因失訪而產生偏倚:暴露組和未暴露組的失訪率可能不同，失訪者和未訪視者的結局發生率可能不同，這可能是偏倚的來源。
4.率及相關指標的病例對照研究壹般情況下，總人群中的病例數和患者數是未知的，因此無法計算發病率、死亡率、RR和超額風險。但是，OR可以計算，而PAR也可以計算，這時對照組的暴露率可以用來估計人群暴露率。雖然病例對照研究可以判斷暴露與疾病之間是否存在統計學上的聯系，但並不容易得出有因果關系的結論。從前瞻性隊列研究的結果很容易得出是否存在因果聯系的結論，其說服力僅次於實驗結果。
總之，根據兩種方法的優缺點，壹般采用病例對照研究作為病因研究的第壹階段，篩選可疑病因，建立假設，采用隊列研究作為第二階段，檢驗假設。這個時候已經通過其他渠道充分了解了疾病的病因和自然史，否則很少有人會因為失敗的成本太高而貿然進行隊列研究。最近的趨勢是主張在隊列研究中嵌入病例對照研究，以利用兩者的優勢。但其實還是需要大規模的，壹般很難做到。
最後，表4-15總結了三種主要流行病學方法的特點。
表4-15三種流行病學研究方法的比較
方法學特點前瞻性隊列研究病例對照研究調查
樣本由無病個體病例和對照暴露、當前患者或幸存者組成。
患病或非患病前暴露或不暴露的分組標準
時間序列的現狀前瞻性(從原因到結果)回顧性(從結果到原因)
將暴露和未暴露病例的發病率或死亡率與過去的暴露情況進行比較，並將暴露者或患病者的暴露情況進行比較。
暴露於發病率或死亡率的百分比
風險度、相對風險度、費率差、PAR或、PAR相對風險度、費率差；票面價值
優點曝光數據更準確；可以計算發生率和風險；壹次暴露與多種疾病的關系可以同時研究；用於檢驗樣本小，結果快這壹假設；成本低；沒有丟失的訪問；可以同時研究壹種疾病和多次暴露之間的關系，以篩選原因；可用於罕見疾病的研究，結果迅速。
缺點需要大樣本和長期隨訪；成本高；失訪的問題很多；不適合罕見病，樣本不具有代表性，對照選擇不易恰當；內存暴露歷史有偏差；只能算作或，因果關系不好確定；只調查存活者，不適合病程短、死亡快的疾病；罕見病需要調查大樣本，不適用。