在幸福時代，托馬斯·貝克特是亨利的首席大法官，基本上是王位的得力助手。亨利甚至在貝克特家裏撫養他的兒子。作為當時的習俗，人們很容易說兩人互相尊重，但這並沒有持續到1161年貝克特大主教(推薦貝克特為大主教)西奧博爾德去世。貝克特曾是西奧博爾德領導下的坎特伯雷執事，是大主教的當然繼承人。貝克特在1162當選。當貝克特成為羅馬在英國的代表後，亨利和貝克特的關系迅速惡化。
當時亨利認為這是最好的結果。亨利認為貝克特的服務時間可能會導致新大主教給予王室不受教會幹涉甚至影響的統治空間。貝克特真正的忠誠只有在1163年壹個牧師(擔任行政官的牧師)被指控謀殺時才得到檢驗。當時教會的慣例是審判自己的成員，神父被審判後無罪釋放。公眾認為教會對其成員有不正當的偏見，並要求公正，這導致亨利在自己的法庭上審判牧師。
相反，亨利二世·貝克特流放了這位牧師，認為這是壹個完全的妥協。隨後亨利試圖修改法律，將法院的權力賦予神職人員，這引起了貝克特的反抗。反過來，亨利把貝克特傳喚到法庭，理由是貝克特在擔任財政大臣期間要對壹筆錢負責。貝克特後來流亡六年，繼續履行他的宗教職責，同時成為亨利的眼中釘，驅逐了幾名皇家軍官，這是教皇指示他不要做的。羅馬曾希望能調解雙方的和平，但沒有達成協議。
亨利的兒子被約克主教加冕為“小亨利”國王，亨利還活著，這是壹種侮辱，最終允許教皇讓貝克特懲罰亨利。貝克特的禁令最終迫使亨利回到談判桌前，並允許貝克特於2070年7月22日返回英國。然而，在貝克特登陸之前，他開除了亨利的三名軍官:索爾茲伯裏約克約瑟森林的羅傑和吉爾伯特·福利特以及倫敦的主教。貝克特聲稱他可以原諒約瑟·林恩和弗洛伊德，但不能原諒羅傑，這使得羅傑轉向另外兩個人，乞求國王做點什麽。
這個消息被亨利挫敗了，據說他說過壹句現在很有名的話，“沒人能把我從這個麻煩的牧師身邊趕走嗎？”“亨利的四個騎士，作為命令，隨後在大教堂襲擊了貝克特，並以叛國罪將其處死。謀殺案的敘述聲稱，四騎士航行到坎特伯雷，首先試圖讓貝克特離開教堂面對國王。貝克特拒絕後，四騎士離開了教堂，第二天又回來逼迫貝克特。在隨後的搏鬥中，貝克特頭部受到致命壹擊，騎士們開始攻擊大主教，以確保他的死亡。
亨利的命令是否嚴肅壹直是爭論的焦點，雖然法洛