五六千年前，除如臯和海安西北外，南通大部分地區還是壹片廣闊的海域。
從漢代到11世紀，在南通形成的過程中，周福海、胡鬥洲、東埠洲等沙洲與大陸相連，18年到20世紀初，又有壹批沙洲與大陸相連。
四個大型沙洲連接在壹起，南通版圖基本形成。
漢代在今如東東部有壹個叫周福海的沙洲，南北朝時沙洲與揚州東部的沙嘴相連，是南通陸域形成史上的第壹次。
這壹次，大並州使楊泰沙嘴(原名蓼角嘴)向東延伸了50多公裏，到達今天如東縣長沙以東。
這是海陵縣(現在的泰州市)的東部邊界。
南北朝時期，南通市區有壹片沙洲，名為胡鬥洲，後稱胡鬥洲。
胡鬥洲以東有南部洲、長沙、東蛇洲等沙洲。
胡鬥洲先後與這些沙洲相連，不斷擴大其範圍。
10世紀初，湖鬥洲西北與如臯大陸相連，這是南通造陸史上第二次沙洲與陸地相連，長江北岸延伸至現在的玉溪地區。
10世紀中葉在此建立通州。
11世紀中葉，東布洲的土地連接是南通開埠史上的第三次。
唐初至五代，長江口有東沙、西沙、東洲、布洲等沙洲，西沙又稱谷俊沙。
東洲和步洲是五代初期長江河口的兩個大沙洲。
東洲、布洲稱為東布洲，東布洲、谷俊沙和壹些小沙洲稱為海門島。
東布洲與大陸相連後，長江北岸的沙嘴延伸至啟東市東部，古稱松遼交嘴，現在南通市東部已基本成型。
元末至清初，通州東岸發生大規模塌陷。
17年底至18年初，通州玉溪至玉東壹線長江以南出現沙洲。
海門直隸會館成立於18世紀中葉。此後，海廳及其以東、以南的沙洲逐漸與通州大陸相連，這是南通造陸史上的第四次大合並。
19年底，20世紀初，形成了現代南通的版圖。
南通行政體制
隨著南通古代漁鹽業的發展和農業的振興，南通古代經濟逐漸繁榮，隨之出現了民居聚落，南通歷史上的縣級市也逐漸建立起來。
唐代以前，郡是南通最高的地方行政單位。五代以後有陸、周、直隸廳、軍、建、縣等幾個地方行政單位。
比如靜海，通州路，李鳳建。
陸軍是具有軍事性質的行政設置，體現了當年南通地區的軍事地位。
監理是生產性的行政設置，南通的“監理”主要管理食鹽生產。
明清時期有兩種“州”:散州和直隸州。
明代的通州是壹個散州，也稱屬州，是政府的下屬單位，地位略高於郡。
清朝雍正以來，通州為直隸，直屬外交部，地位相當於政府。
直隸廳的地位和直隸府壹樣。
東晉安年間，南通曾有寧海、臨江、葡萄、如臯四縣，後增海安縣。到了周朝和隋朝，這些郡大都合並了。
到了唐代，胡鬥洲得到了發展。
玄宗幹甫二年(875年)，南通有克制使郎山鎮。
後來五代又建立了豐樂鎮、大安鎮、崇明鎮、狼山鎮。
五代時，直接統治靜海、東洲的是姚氏家族。
姚在建了壹座市政廳，稱為“靜海都城”，轄狼山、豐樂、大安、崇明四大鎮。
後周鹹德三年(956)，周軍四面受敵，姚政權控制東周、靜海約半個世紀。
鹹德五年(958)初，後周建立靜水師，不久升為通州(今南通市)，靜海、海門兩縣劃歸通州管轄，州治在靜海。
通州，按其地理位置，可由海路北至齊燕遼東，南至閩越，江南三吳，西至楚、蜀。
四通八達，因為有名。
通州在宋代屬於淮南東路。天盛元年(1023)，通州改名崇州，又稱崇川。
鄭和七年(1117)，通州曾稱靜海縣。
元初至元十五至二十年(1278 ~ 1283)，通州升級為通州路，二十壹年恢復為揚州路。
崇明縣曾短暫歸屬通州，後歸屬蘇州。
明初，撤銷靜海縣。此後，通州只管轄海門縣。
清康熙十壹年(1672)，海門縣廢，通州無縣。雍正二年(1724)，通州升為直隸州，如臯、泰興兩縣劃歸通州管轄。這種隸屬關系壹直維持到清末。
乾隆三十三年(1768)，設立海門直隸廳，直屬江蘇省管轄。
1912，民國時廢州廳設縣，江蘇通州改名南通縣，海廳改名海門縣；祁東縣成立於1928。
抗日戰爭時期，新四軍建立了蘇區。今天的南通，曾經是蘇聯四個行政區的轄區，民主建立縣級政權。
1941年初，設立汝溪縣，1943年在海臺地區設立紫石縣。
抗戰勝利後，南通曾是第九行政區的壹部分，是蘇皖壹個行政區。
1945，汝西改為如臯縣，如臯改為如東縣。
1948將紫石縣改為海安縣。
1949南通市解放，南通縣設市，駐南通市。南通市曾是蘇北行政公署轄市，後為江蘇省轄市。
南通建立後，在荊沙建立南通郡。
南通市內六縣屬南通專員辦管轄。
1983年3月，實行市管縣體制，形成南通市管六縣兩區的格局。
1990左右，啟東、南通、如臯、海門撤縣建(縣級)市，其中南通縣更名為通州市，6個縣(市)仍歸南通市管轄。