傳統儒家是思想和教義體系，印度佛教是宗教。兩者的區別不僅是宗教和教義的區別，更是中印文化的區別。這就導致了印度佛教在漢初傳入中國後，立即面臨著是否被中國傳統思想文化占主導地位的儒家所接受的問題。事實上，當儒釋道在中國相遇時，立刻就產生了沖突和火花。儒家從壹開始就對佛教這壹外來文化持排斥和抵制的態度，企圖將佛教拒之國門之外。而佛教則主要是為了在中國生根發展而對儒家思想進行妥協，尤其是在佛教的初級階段。隨著佛教在中土的立足點和影響日益擴大，出現了貶低儒教、擡高佛教的傾向。但從儒釋道關系的歷史來看，顯然儒家對佛教的排斥遠大於佛教對儒家的譴責，這充分體現了儒家在傳統文化中作為中國封建制度思想支柱的地位。
寫於漢魏時期的《理惑論》，詳細記錄了佛教剛傳播時儒生對佛教的排斥態度。相傳《理惑論》的作者是牟子。牟子原是儒生，卻喜歡讀百家書。後來從研究經學轉向“潛心佛道，研究老子五千篇”。他的做法受到了當時人們的批評。《理惑論》詳細描述了當時大多數儒生對佛教的不屑壹顧的態度，以及他們對佛教的鄙視和譴責:“我曾在京師讀書，入東觀，遊國子監，遵朱君石之規，聽儒生之言。從來沒聽說過修佛貴，很慚愧。“反倒是”文人學士經常嘲諷破壞。“他們抨擊佛教是壹種崇尚虛無、關於生死的謊言的‘易帝之術’，不僅違背了儒家的孝道體系，也沒有實際作用。所以，不學堯舜的孔伷，而學易迪的本事，是極其愚蠢的。
但是，佛教並沒有因為儒家對它的抵制而退卻。壹方面，佛教采取認同中國傳統文化的方法，通過儒家等途徑進行自我調整，努力協調與儒家的關系；另壹方面，他堅持自己的根本立場，努力在中國傳教，發展自己的勢力，使中國越來越多的人接受和信仰佛教。理惑論總結了儒家在遭到當代人嘲笑和指責後攻擊佛教的論點，並根據自己對佛教的理解逐壹為佛教辯護，以消除儒生對佛教這壹外來文化的排斥心理。從理惑論來看，儒家對佛教的攻擊和排斥主要集中在佛教為解脫而生的神學理論和出家的宗教形式上。
首先，儒家反對佛教以傳統的“孝道”出家的做法。印度佛教旨在尋求出生時的解脫。為了擺脫世俗的束縛，出家是必須的。和尚要離開父母，拋棄妻兒，或躲進深山，或加入僧團，剃掉胡須，以示斷絕愛情。把家庭視為解脫障礙的印度佛教，遭到了講究“忠君孝”的儒家的強烈反對。他們提出:
“《孝經》上說身體皮損，父母怕損。.....今薩滿剃頭，有違聖人之言，有違孝道。”
至於壹個拋妻棄子不養後代的和尚，更是違背了儒家的古訓“不孝有三，無後為大”。他不僅生活不幸福，而且還是最大的不孝:
“夫差豈止是繼承人，沒有不孝之道。薩滿棄妻，捐財捐貨，或終身不娶。怎麽反了符曉之行？”
佛教剃發、出家、布施、不結婚生子等違背漢族文化習俗的做法，成為儒家攻擊佛教的借口。
其次，儒家以孔子為最重要的人物，以“不談怪力之惑”來反對佛教對佛的神化和對生死的談論。佛教是以佛為最高信仰對象的宗教。佛教剛傳入中國的時候，正值中土神仙魔法盛行，佛教被視為對魔法的迷信，在社會上流傳。在東漢時期，佛也被中國人描述為“金身、日頸”、“輕飄飄”的神靈，人們可以通過祭祀向佛祈求幸福。這些說法很自然地讓人把佛教理解為與當時社會上流行的神仙方術聯系在壹起，而忘記了它是外來的宗教。而佛教“需論生死，鬼神之事”，將人的幸福歸結於上帝的恩賜，與儒家重視人事的精神格格不入，因而受到儒家的批判:
“雲佛有三十二相八十種善。和人有多大區別？幾乎豐富的文字不是真正的雲。”
“子曰:‘不能管人，何以管鬼？如果妳不了解生命，妳怎麽能了解死亡呢？.....今天，佛教徒需要談論生死、鬼神，這幾乎不是聖賢的語言。"
第三，儒家以務實的精神反對佛教的虛無主義。在起源理論的基礎上，佛教構建了壹個精致的理論體系。但儒家認為佛教的理論是虛幻的、抽象的，對治理國家和人民沒有實際作用:
“孔子視五經為道，可由拱背，由履隨。此子曰，無物恍惚，不見其意，不指其事，何以與聖人談？.....天下學士常譏之，雲曰難用之，難信也。什麽？”
第四，儒家以倫理規範反對佛教修行生活。佛教根據“六度”——布施、持戒、忍辱、精進、禪定、智慧，制定了剃發、穿袈裟、穿紅布、向他人鞠躬、廣布施等僧人不同於俗人的精神生活方式。儒家認為佛教的這種生活方式不符合傳統的倫理規範:
“黃帝掛衣，制衣。和陳的《紅番》是五件事。孔子寫《孝經》，是從三德開始的。.....今天薩滿剃了光頭，穿了紅布，看到沒有跪禮，沒有盤旋尊嚴的容止，違反了儀容服飾制度，是個好士紳(指有官職或當過官的人)。”
薩滿剃發、穿紅布不符合嚴格的儒家服飾，見人不跪的儀式有違儒家待人接物的禮儀。儒家對佛教修行生活方式的批判集中在東晉“薩滿不尊王”的問題上。薩滿不尊王的本質是佛教徒是否應該遵循儒家倡導的封建禮教。這成為歷史上儒釋道之爭的重要內容。
最後，儒家批判了佛教的善惡報應論和輪回說。佛教認為，在解放前，人因為“無知”和“迷惑”而不斷在六道輪回。惡有惡報，善有善報。善與惡的因果報應是基於輪回。佛教剛傳入中國時，對中土人影響最大的是善惡報應論。儒家雖有“積善於余慶，而積惡於己”的說法，但它關註的是現實，只談這個世界，而不是三代輪回。因此，佛教的輪回觀念也受到了儒家的批評和攻擊:
“佛道說人死後要平反，仆人不相信這個判斷。”
註重世俗生活的儒家把佛教的輪回斥之為虛幻。
理惑論反映了佛教早期傳播中儒家對佛教的排斥態度。《理惑論》中提到的儒生對佛教的各種批判，基本構成了整個漢魏晉時期儒家攻擊佛教的主要問題，奠定了儒家排斥佛教的基礎。隨著佛教勢力的增強和寺院經濟的擴張，儒家對佛教的攻擊逐漸擴展到政治和經濟領域。因為佛教對儒家等傳統思想文化的妥協和調和。所以很快就在中土站穩了腳跟，發展起來。到了南北朝時期，中國的佛教徒越來越多，中國的高僧名揚天下。就連皇帝都是佛教中的雅士，親自接受儀式。佛教在中原的影響逐漸與儒道並駕齊驅，合稱三教。佛教的興盛，尤其是南北朝以來寺院經濟的發展，必然與世俗統治者的利益發生沖突，表現為與官方正統儒學內容和形式不同的沖突。南北朝以後，儒學在吸收佛教思想的同時，不僅經常以佛教不符合中國傳統倫理道德為由攻擊佛教，而且從社會經濟、王道政治、倫理習俗等方面排斥佛教。南北朝至隋唐五代時期，儒道常以中國正統文化自居，結盟。儒釋道之爭甚至發展成為統治者利用政治權力打擊佛教的法律難題。北魏太祖、北周武帝、和侯都實行過滅佛，造成了歷史上著名的“三絕壹案”法律困境。儒家對佛教的排斥是佛教壹直不是中國傳統文化之首的重要原因之壹。但是，佛教並不甘心處於被動地位。為了在中國生根開花，壹方面高度重視統治階級和傳統思想文化的代表儒家思想，強調“孔伷即佛，佛即孔伷”(孫綽《比喻經·道學》)，“如來與堯空緣起不同，潛在影響不同，最終同源”(慧遠)另壹方面也大力宣傳其優越性和不可替代性，尤其是當其勢力強大到足以自立之時。它還常常通過貶低儒家思想來擡高自己，認為“孔伷所說的是最近的壹點，至於佛教，則是極其微妙的”(《高僧傳》卷壹)。儒家“唯天下之善”，佛教可以“化萬物為聖人”(梁武帝《棄道為佛》)。佛教對儒學的依附在壹定程度上減緩了儒學對佛教的攻擊，而佛教在某種意義上的自我提升也促使儒學更好地吸收佛教可以學習的東西來豐富和發展自己，最終導致宋明時期出現了以儒釋道壹體化為特征的新儒學——理學。