甘符三年九月，王獻之準備接受朝廷的恩寵，但因黃巢的激烈反對而作罷。然而農民軍卻因此分了手。黃巢帶領2000多人離開王獻之，然後北上獨立作戰。
五年，在唐軍的殘酷圍剿下，王獻之戰敗被殺，在北方作戰的黃巢亦步亦趨，日漸強大。從此天下大亂。
黃巢自封為“田沖太保平均將軍”，提出平均稅徭役負擔的要求。王獻之戰敗後，黃巢的農民軍成為官軍的頭號敵人，四處被圍困和封鎖，被迫逃亡全國各地。
歷史表明，黃巢的軍隊所到之處，從北到南，總是掀起壹波又壹波的血雨腥風。因為無奈加入的貧民，總是屢戰屢敗，唐朝的有生力量被其大規模的殺戮和殲滅所消滅，在與農業軍的激烈對抗中，統治基礎越來越弱。
光明元年(880)，黃巢率百萬大軍進入唐都長安，唐僖宗倉惶逃往山南，後又逃往四川成都。黃巢進入長安後，建立了大齊的農民政權，國號金童。
在與唐軍的長期戰鬥中，黃巢變得越來越勇敢，越來越強大。但如果認為中國農民起義軍的暴力行為都是正義的、理性的、值得稱頌的，那就大錯特錯了，因為他們的刀槍戟上也沾著大量無辜百姓的鮮血。據《唐書》記載，唐僖宗中和二年(公元882年)，唐朝由將軍唐紅率領的政府軍突然襲擊了被農民軍占領了兩年的長安，壹些長安居民自發走上街頭，熱烈歡迎唐政府軍進城。
沒想到第二天，退城的農民軍趁著官軍放松警惕的機會，再次奪回長安。黃巢痛恨長安居民沖出去迎接唐軍，於是在城內搜刮了七八萬年輕人，全部被刀斧砍死，城內血流成河，屍橫遍野。
黃巢以濫殺無辜聞名。據歷史文獻記載，唐僖宗六年(879年)，黃巢大軍南下攻克廣州，殺死當地居民654.38+0.2萬人，以及在此從事貿易活動的阿拉伯和猶太商人(至今仍有20萬人)。
黃巢造反後，人殺如麻。民間流傳著壹句話:“黃巢殺了800萬人，誤殺了地球上壹半的人”。這種說法雖然有些誇張，但也從壹個側面反映出黃巢起義是階級矛盾激化到不可調和的程度的必然產物。
黃巢建立大齊後，定都長安，並沒有力推五十六攻，似乎也沒有什麽統壹天下的宏偉計劃，讓逃往四川的唐僖宗有足夠的時間整合全國各地的力量，發動聲勢浩大的反攻。
此時，戰火紛飛的關中平原早已滿目瘡痍，光禿禿的，因為來自江淮的漕運早已被戰火阻斷，缺吃少穿的黃巢農軍被迫撤出長安。我們的特使唐鳳祥，在關中集結了朝廷殘部和藩鎮，壹路跟隨黃巢。唐僖宗在蜀中傳話截擊黃巢，又借沙陀首領李克用、黨項大亨拓跋思恭的兵馬，助唐圍剿。
黃巢退兵途中，朱溫將軍向唐軍投降，農民軍接連失利，無奈東進。唐軍緊追不舍，沙陀軍閥李克用的騎兵部隊特別勇猛善戰，接連擊敗黃巢。農民軍被打得團團轉，後來退到山東。
884年6月，黃巢的部隊在山東被唐軍和沙陀軍擊敗，無路可走的黃巢在泰山虎狼谷自殺。
黃巢揭竿而起後，堅持了10年的鬥爭，幾乎征戰了半個中國。殺戮極其慘烈，極大地削弱了唐朝的實力，導致其迅速崩潰。黃巢死後二十年，其部以朱溫篡唐(後改名為朱全忠)，中國歷史進入“五代十國”時期。