1937年，抗日戰爭爆發，錢穆隨學校南遷。學校、清華大學、南開大學聯合成立西南聯合大學。生活曾經很艱難。錢穆曾經和吳宓、聞壹多、沈有鼎合住壹套房子。在西南聯大，錢穆繼續教授中國通史課程，情況甚至比以前更好。著名歷史學家嚴耕望後來師從錢穆，他描述了當時的盛況:“學校外面的觀眾爭得滿座。老師走上講壇，就要登上學生的課桌，踩在上面。“也是在這裏，錢穆馬不停蹄地開始了《國史大綱》的寫作，因為抗戰時期，錢穆的用筆感情更加豐富。國史大綱跨越了幾千年，不斷重復著外國人入侵同化的歷史，以及中國人面對外來挑戰時的正直與智慧...當壹個西方世界占主導地位，中國正跌落到自信的谷底時，錢穆希望中國人對自己的歷史保持“溫暖和尊重”。該書壹經出版，便成為全國各大高校的教材，至今膾炙人口。抗戰勝利後，北京大學恢復辦學，傅斯年主持校務。錢穆沒有拿到任命書，就閉門寫了壹本書。
1949年，錢穆取道廣州去了香港，離開了大陸，再也沒有機會回到故土。
壹時間，香港成了壹個大流放地。各種人物從大陸逃到香港，包括無數流亡學生。這些被流放的學生，就像在大海裏四處漂泊，沒有前途，失去了精神支柱。在這種情況下，錢穆放棄了自己較為悠閑的教學生活，在極其困難的情況下創辦了新雅書院，為內地流亡學生提供學習和工作的場所。嚴耕望後來感嘆，錢穆正處於學習和精力的成熟階段，正當他更加高度發達的時候，卻因為時局的動蕩而被迫赴港辦學。這是學術界十幾年來無法彌補的損失。但對於當時的學生來說，他有壹種精神上的回歸，這種回歸對於中國傳統的生存更為重要。錢穆回憶說，新亞學院創辦時，“另壹代交不起學費，還更多。”晚上八九點回學校，樓梯早就關了，要踩好幾遍鋪。“在這個時代巨變的無奈中，錢穆在努力培育文化傳承的燃料。新亞書院是當時香港唯壹的非牟利學校，很多老師來這裏教書純粹是出於義務。學校還在每個周末舉辦公開的學術講座，吸引校外人士前來聆聽。
新亞學院位於香港著名的貧民窟，條件非常艱苦。錢穆只有兩個艙室，壹個居住，壹個工作。辦公室給余英時的印象是“壹張長桌占據了所有的空間”。支撐他的是中國的傳統精神。余英時回憶說，在壹個炎熱潮濕的夏天，他發現錢穆躺在地板上生病了。
錢穆讓余英時買二十四史給他看，仿佛這就足以驅走他所有的痛苦。錢穆親自給新亞學院寫了壹首校歌:“...我在混亂中徘徊，我餓了。我很掙紮，我很困，我很深情。千斤重擔在肩，年輕的我們在群體中前行。珍惜珍惜，這是我新的亞洲精神。”新亞書院最終成為20世紀下半葉中國教育的奇跡之壹。而錢穆從香港去了臺北，他再也沒有回過大陸。1990年8月30日，錢穆在臺北寓所辭世，享年96歲，留下了1400萬字的作品。1992年，他的家人將錢穆的骨灰撒入浩瀚的太湖以示回歸。
2009年8月8日，國學大師錢穆和傅斯年·墨寶在香港拍賣。其中，錢穆的書信寫得行雲流水，字體飄逸清麗。錢穆在信中寫道:“今日國運，不怪吾人學術教育者。”短短壹句話，就能看出壹代國學大師“以天下為己任”的胸懷。