根據物流商參與融資服務的階段或深度不同，物流銀行的模式可歸納為以下兩種:即出質人與商業銀行簽訂質押合同，以已經或即將存入物流商倉庫的動產作為質押物；質權人、商業銀行、物流商簽訂質押監管合同，物流商負責監督管理質押動產；壹旦出質人向商業銀行歸還貸款或增加保證金，商業銀行將指示物流商釋放受監管的質押動產，物流商將嚴格按照商業銀行的指示存放和釋放動產。
需要註意的是，現實中很多銀行都是用倉單質押代替動產質押。原因是用作質押的動產不同於用作抵押的不動產。前者可以通過登記證明其所有權，後者只能通過占有證明其所有權。現實中，商業銀行似乎對“占有”的公示方式表示懷疑。合同法確認倉單的法律地位後，人們認為這種權利憑證可以彌補動產占有公示的不足，因此更傾向於接受倉單質押。
根據貨物的位置，這種商業模式可以細分為倉內監管和倉外監管。倉內監管是監管物流商自有倉庫內的質押動產，倉外監管是監管物流商有限使用權的倉庫內的質押動產，通常是在出質人自有倉庫內。倉外監管在物流商自有倉庫之外，拓展了物流銀行的服務領域，也可能節省整個質押貸款業務產生的費用。然而，這種模式有其局限性，商業銀行和物流供應商都應謹慎使用。從商業銀行的角度來看，由於出質人的質押財產仍在出質人的倉庫內，物流商能否實際控制質押動產無法提前確定，這可能違反了現行法律規定的質押物必須交付質權人才能生效，從而使商業銀行的質權無法成立；從物流供應商的角度來看，實施出庫監管是基於物流供應商的出口倉庫管理能力。而且監管出質人自己的倉庫風險更大，因為出質人作為質押動產的所有人，比其他任何第三方都有更多的“理由”違反遊戲規則。如果物流商沒有很強的出口管理能力，倉外監管將是壹句空話，物流商也無法利用自己的倉庫專業知識來逃避承擔監管不力的責任。因此，為了避免上述出庫監管不可避免的風險，商業銀行有必要將增加的收入拿出壹部分，轉移給物流商，以支付物流商因加強控制和增加監管操作而承擔的費用；作為物流供應商，要從人的控制、作業設備控制、作業流程控制、管理軟件控制等方面盡快提升自己的管理能力。只有通過雙方的共同努力，才能強化出庫監管的模式，從而在空間上拓展物流銀行的服務領域，拓展商業銀行和物流商的盈利領域。即出質人、物流商、商業銀行、供應商簽訂合同，商業銀行根據出質人與供應商的供貨合同，代表出質人直接向供應商支付貨款，供應商根據供貨合同和與商業銀行達成的協議，將貨物交付給物流商，物流商從收貨時起承擔監管責任。
保兌倉與倉貨質押貸款的區別在於:倉貨質押貸款中，倉貨不是在進入指定倉之前質押，而是在進入倉時或進入倉後才質押，物流商的監管責任是在貨物進入指定倉後才開始。從商業銀行的角度來說，就是先質押後貸款；至於確認倉庫，貨物在進入指定倉庫之前就已經成為質押物，物流商應該在貨物入庫之前就開始履行監管職責，可能是從供應商發貨的時候，也可能是進口貨物入關的時候。
保兌倉是物流銀行的高級形式。在這種模式下，物流商提供的不僅僅是傳統的倉儲服務，而是貨物在不同社會主體之間流動的全過程；商業銀行的客戶數量也會大大增加，因為它允許作為質押品的貨物在空間上移動，在形式上發生變化(比如涉及到加工環節)。