2.死亡理論。《太宗實錄》的可靠性受到人們的質疑，因為朱迪三次修改《太宗實錄》，目的是美化自己，為自己奪取皇位尋找冠冕堂皇的理由。許多人對《太宗實錄》中記載的文健自焚壹事持懷疑態度。由於永樂時期的政治壓力和嚴密的關系網，沒有關於文健皇帝死亡的記錄。天順、鄭德兩朝以後，嚴峻的政治環境有所改善，關於文健之死的史料開始增多。
我們發現越早的史料越模糊，越晚的史料越具體。萬歷二年十月，13歲的曾向張打聽的下落。張答:“國史不載此事，但先傳於死者，說是帝難師時入城，即剪了頭發，走出無間道，然後周遊列國，人不知。”可見首輔張也傾向於說他的死。值得註意的是，民間謠言已經傳入皇帝的耳朵，此時談論文健之死已經不再是壹個忌諱的話題。
第四年夏天和六月，文健知道金川門已經失守。燕軍破城後，他嘆了口氣，覺得很無奈，就想死。這時，年輕的監獄長王躍告訴他:妳爺爺去世的時候，留給妳壹個鐵盒子，讓我在妳有困難的時候交給妳。我壹直秘密保存在奉先堂。大臣們急忙搬起箱子，打開了它。裏面有三本官方書籍，是僧侶的身份證，上面寫著包括文健在內的三個人的名字。還有三件長袍，壹把剃刀，十錠白金，和壹封遺書。書中寫道:“皇帝文健從鬼門關出去，其他人從水關漁溝出去。晚上，他們將在上帝的樂觀的西室見面。”在此基礎上，他的三個手下剃了光頭，穿上可惡的衣服，只帶了九個人去鬼門關。鬼門在緊急出口，是內城的壹個小矮門。這條水道只允許壹個人進出，文健皇帝彎腰走出了鬼門關。其他八人出了鬼門關後，看到水道上停著壹條船。壹個和尚站在船上叫他們上船，並向文健皇帝鞠躬說，萬歲。文健皇帝問他怎麽知道我遇到了麻煩。和尚回答說:“我的名字叫王聲，我是上帝的樂觀住持。昨夜夢見妳爺爺朱元璋，他是個和尚。”我坐船到緊急出口，壹直等到黃昏才看到風景。很快楊應能、葉希賢等13人壹起趕到。
上面這段話的真實性確實值得懷疑，但顧應臺講得很生動。此時，文健皇帝似乎已經理了發，繼承了他的祖業。真的很難分辨真假，清代的陸安世、蔡東藩等名人都接受了。文健皇帝是自焚身亡，還是通過秘密通道逃出南京的？歷史學家對此眾說紛紜，沒有定論。清朝編修《明史》時，明史館的史家們對此眾說紛紜。為明朝皇帝龔敏寫傳記的徐佳琰認為，皇帝文健並沒有死於火災，而是逃到了國外。同在明史館的著名學者朱彜尊相信明朝的記載，認為文健死於火災。於是，我們可以看到，《明史·龔敏》有這樣的表述:“宮中失火，皇帝不知如何是好。”似乎當時誰也拿不出證據來證明自己的觀點，只好選擇這種折中的意見。
現在，隨著對文健皇帝死因研究的深入和對史料的日益掌握，越來越多的人相信文健皇帝不是自焚而死的。那麽，文健是明成祖朱棣葬的嗎？有人認為當時葬的很可能是馬皇後，而不是建文帝。朱迪在廢墟中發現的屍體已經面目全非，很難辨別真偽。此外，史料中也沒有埋葬馬皇後的記載。還有壹點值得註意的是，在明朝中後期，實際上並沒有人知道文健皇帝葬在哪裏，這說明當時的人並沒有真正認為文健皇帝葬在哪裏，所以也就沒有必要去掃墓祭奠了，時間久了也就不為人知了。事實上，朱迪本人可能也知道，在儀式中下葬的並不是文健皇帝本人，但這並不影響儀式的舉行，因為只有這樣才能掩人耳目，皇帝的寶座才能坐得正。
另壹個疑問是，當這座城市被打破時，文健皇帝的長子沒有找到。當時，有兩個王子:長子朱，7歲，次子朱文貴，2歲。朱文貴，史稱庶人，被成祖囚禁在廣安宮，直到英宗天順年間才被釋放，時年57歲。被關在宮裏，出來就分不清牛馬了。然而，建文帝的長子朱，卻壹直下落不明。明史上說“顏氏入，七歲，不知何事”。既然朱能逃脫，沒有理由相信他的死是不可能的。此外，所謂的“靖南之戰”持續了四年，而且不是壹夜之間發生的，文健皇帝有充分的時間進行準備。當朱迪進入南京時，南京南部、西北、西南和東南的大部分地區都不在朱迪的控制之下，文健能夠組織有效的反擊。
也有人指出，他自焚而死是歷史真相，因為當時兵臨城下，燕軍包圍了禁宮，他逃也來不及，更何況經查，根本沒有鬼門或禦溝可逃。文健皇帝也知道他的四叔是壹個貪得無厭、冷酷無情的戰士。如果他落在他手裏，絕不會有好下場。還不如死了。燕王朱迪絕不會讓自己的生命延續下去，否則，他就當不了皇帝。
那麽，既然他的國家有可能滅亡，他又去了哪裏呢？基於各種信息，有以下幾種說法:
2.1.荀國為僧，遊歷四方。據《明史》記載，文健逃出南京後，帶著楊應能、葉希賢和季承三位僧人周遊世界。根據地方誌、遺物、遺址等材料，學者們認為文健皇帝曾流亡雲南、貴州、四川、湖北、江蘇、浙江、廣東等地。《明朝編年史》說，他為逃避被俘，西遊重慶，東去天臺，轉湘府，居粵西，中間定居白龍，落雍題詩，入荊楚故裏，史稱幸事。
在中國西南的幾個省份，有很多關於建文帝的遺址和傳說。在《徐霞客遊記》中，徐霞客記載了文健皇帝在貴州白雲山修行時留下的遺跡:“有兩棵巨杉，三個人抱著，在dènɡ旁邊；西植毀於火，乃文君所植。折又西半裏，為白雲觀，遂由文君造山；前後擱板是雙層的。後亭前門檻下有泉有脊，為‘跪勺泉’。下到北通就知道妳的石頭技術了。不富不燥，得壹勺，故名“跪”，是神龍為建文君所供，中通龍潭，有金鯽魚雲。從葛溪向北走半裏，就是劉覓洞。山洞懸於山頂險崖之間，門朝南，僅十余尺深，背後有石砌壁龕，旁邊可做榻。它的右邊有壹個小洞穴，從那裏流出大米給皇帝，但是現在什麽都沒有了。左邊是峽谷，上面是透明的窗戶，中間是橫板。幽雲文健留下的東西，也是有跡可尋者所托。洞前峰巒，綠波千層，環背，遠方第壹步。洞的左側是供奉文帝雕像的亭子(亭子名字叫‘隱龍’，過去好像在佛閣裏，現在移到這裏)。是巡使胡所建，前臨瑤山，右臨米洞，不蓋洞門，後臨山頂。”
2.2.出海，不知道說什麽好。傳說文健乘船出海，去了南洋，在壹個小島上過著隱居的生活。當時有很多中國人去南洋。據說張士誠失敗後，他的壹部分手下逃到南陽開拓移民。附近的壹些人證實，文健皇帝在泉州開元寺避難，在開元寺起航，最後隱居在印度尼西亞蘇門答臘島的東海岸。但是，沒有更多的證據，只是推測。
朱迪，文健的祖先，擔心團結當地的中國人，或呼籲南洋各國籌集軍隊作為宗主。所以他很不放心，特地派鄭和下西洋，壹是宣傳國威，二是追查建文帝。據《明史》記載，“成祖疑惠帝死於海外，欲追述之，欲以炫耀兵力於異國，以示中國之富強。永樂三年六月，他和朋友王景弘下西洋，他們帶了二萬七千八百多名士兵和更多的金幣。”在鄭和的船隊中，還有壹部分錦衣衛，專門負責偵查。尚不清楚是否能探測到文健皇帝的蹤跡。
2.3.京西山說，顧應臺的《明朝年譜》和鄭瀟的《我的研究》都記載有正統七年。因為年事已高，文健到璽恩府去，自稱是文健皇帝。地方官員急忙上報朝廷，送往京城。朝廷派老太監吳良去鑒定。文健壹看到他就叫出了他的名字，但是吳良不承認。文健皇帝還說，當他吃飯時，他把壹塊鵝扔在地上，吳良像狗壹樣蹲下來吃它。吳良聽後哭了，回去就上吊了。皇帝文健被迎入西方，在宮中老死，葬於西山，無封無樹。
其實這是謠言，但還是有壹定依據的。道統五年(1440)十壹月，壹位雲南僧人到了廣西，自稱是皇帝文健，已經90多歲了。地方官員把他送到首都，大臣們懷疑他是個騙子。經查，他承認真名叫楊行祥，河南人，洪武17年出家。他受人蠱惑冒充建文帝。於是英宗把他關進監獄，四個月後死在獄中。作為幫兇的12和尚被發配遼東鎮守邊境。
2.4.江蘇吳縣稱，《文匯報》記者徐作勝通過查閱文獻和親自走訪江蘇吳縣，發現了皇帝文健去世後留下的壹些遺骸和遺物。結合文獻，認為他離開禁宮後，頭發被剪掉，出家為僧。他沒有去西南和東南避難，而是被壹直躲在江蘇吳縣福塞集的和尚蒲救了出來。沒過多久，便隱退到了姚禪寺。在姚的守護下，皇帝躲進了穹山上的禦駕殿，直到永樂二十壹年(1423)在這裏去世，時年47歲，葬在殿後山坡上。這也是自成壹體的。
2.5.四川望京寺說，有人認為文健皇帝藏在四川平昌的佛寺裏，死在這裏，葬在寺後山坡上。文健之所以選擇佛羅寺，是因為這裏偏僻難找，不易被發現。因為他經常朝京城方向哭，後人就把佛寺改名為望京寺。
2.6.還有壹種說法。據江油縣誌記載，明朝皇帝文健(朱允炆)戰敗，退守此山。未知。
2.7.此外，近年來，有人自稱是文健皇帝的後代，並出示吉恩家族的家譜，說文健皇帝通過地道逃離南京，假扮和尚四處遊歷，後隱居武昌，死後葬於武昌洪山。當然，這種說法還需要進壹步驗證。
文健皇帝死因之謎的解釋、傳說和附件絕不是上面列出的那些。有很多悲傷的故事，在很多書裏流傳過，口頭流傳過，也會流傳下來。也有人指出，文健皇帝自焚而死，朱迪為了不留下“殺侄奪位”的惡名，故意煞費苦心尋找文健皇帝的下落，留下歷史謎團，這可能是朱迪的本意。
綜上所述，朱迪即位後下令尋找文健是歷史事實。然而，沒有人有確鑿的證據證明他的真實意圖和文健皇帝的真實行蹤和結局，這仍然是壹個難以解開的歷史之謎。各種字典都要標註；“他的下落不明”。