陶弘景的《真靈位圖》譜，只是上清派的文字。它把元神、元王、太上大道王、金闕王視為最高神，靈寶派把元神位、太上老君視為最高神，石天道尊老子為最高神。三派各有各的方式，在至高神的問題上並不完全壹致。隨著道教的發展和各派的相互交融，南北朝末期出現了統壹的至高神“三清”，即元始天尊、靈寶天尊和道德天尊。三清神的出現標誌著道教神仙譜系的最終定型。
“三清”神的確立經歷了壹個漫長的發展過程。道教剛建立時，老子是其始祖，稱太上老君，又稱太上道君，被奉為最高神。比如等人編的《太平經》和寫的道書，都是老先生給的，直到北魏的寇寫了《雲誦新科錄真經》的諭旨，他的“石天”稱號才是老先生給的。這是早期道教的共同特征，包括太平道和五鬥米道，甚至是全真道的起源。現在還說太上老君傳於金娘，金娘傳於白雲之上的道理，傳於王，王傳於，傳於傳於劉海蟬，傳於，重陽傳於傳於北齊鎮。全真教溯源於老子，尊王為全真教始祖。東晉中後期出現上清、靈寶等道教流派後，道教尊神至上的觀念發生了變化。這些新道家不再尊太上老君為最高神，而是以元神或元神、太上大道為最高神。在這兩個流派的經書中，也提到了太上老君，但往往把它放在次要的位置，有的經書甚至把它當作元始天尊或元始天尊的弟子和太上老君。這種差異在《舒威釋老誌》和《隋書經籍誌》對道教的介紹中可以清楚地看到。《魏書》卷壹壹四《釋舊錄》曰:“道教之源出老子。它不言自明，與生俱來，資源豐富。在玉京，他是神王的教派；我是飛仙之主。”(2)這明顯反映了石天道教將老子視為最高神靈的思想。《內經》卷三十五《通誌》四分曰:“通道經者，雲自始有天尊，生於太原之前，賦有自然之氣，沖空而定遠，不知其極...他們以為天尊之體永存，每次開至天地之始，或於井之上，或於窮桑之野，謂之劫。”所有的學位都是神仙中的上品，還有太上老君...“(1)這顯然是以原始佛為最高本尊，而太上老君也是原始佛的弟子之壹，代表了上清派的思想。
既然石天道教和上清道教、靈寶道教在尊神至上的觀念上有這麽大的區別，也就是道經分大中小，那麽寫這些經書的教主也必然有不同的層次。《雲起筆記》卷六《三窟經部三窟序》中說:“三窟已倒，故有。”(3)那麽，如何劃分三孔本尊的區別呢？所以道教也有“壹氣化三清凈”的說法。上面引用的《九天生物經》壹章，是說三清都是陶琪化的，而《三窟序》中說:“三窟之素，同陶琪；陶琪是獨特的，它的應用分為三個部分，都是用來勾引習俗和修仙。從所有證明來看，都是逐漸不同的，所以有三個。”(4)也就是說，三孔的元素都來自同壹個陶琪，但由於應用的不同，又分為三個不同的名稱。盡管如此，但到底是誰呢？然後就是另外壹個故事了。壹種觀點認為道教的三清是由羅田的玄、元、實三氣形成的。例如，生於東晉初年或南北朝的太貞科說:“三日之最，是羅達，這是壹個具有奇妙精神的極地。只有這個羅達在軒轅生了三只燕子，把它變成了三個晴天。壹日天高雲淡玉清，由始而成；第二天，魚雨去了清朝。第三天，天空太晴朗了，它是由神秘的氣體構成的。”(1)這種說法，並沒有解決三清神祇之間先後層次的實質性問題，還引來了羅田到底住著誰，三清神祇是否由這個神祇轉化而來等壹系列問題。所以道教通常有另外兩個版本。壹種是三清在清初由神仙轉化而來，這是上清道家所提倡的。《並行三窟》引用《因果經》和《華英經》說:“天尊日:我用陶琪教化群眾，從劫到劫，因時制宜。韓龍元年，我被封為無形佛，又名天寶君，我說有《洞天真經》十二卷，教導天上九聖和大乘之道。.....延康元年，取“佛性無始”之名，又名靈寶君，化為明州，說有十二洞玄晶，為的是傳授天上九諦及占便宜之道。.....明朝年間，我被稱為梵天形佛，又名神寶君，講穴神經十二部教天上九仙，小乘之道。”(2)也就是說，三孔本尊是不同時期原佛的化身，三孔經也是不同時期原佛說的，這樣道教派別之間就不會有等級之分，導致教派之間的矛盾。然而，這顯然是代表《隋書經濟誌》所采用的上清學派的說法。道教的另壹種說法是三清被老子壹口氣改造，主要是以石天道教為代表的道士思想。這種想法由來已久。早在道教產生之前，就已經開始神化老子了。漢明帝(57—75)，東晉張帝(76—88)年間，宜州成都人，著有《老子神女》，名曰:“老子是道士。生於無形之前，始於始之前，行於之元，浮於六虛，出入幽冥，觀雜濁之別。”(1)這裏老子和道合而為壹，道是世間萬物的根本，所以老子自然就成了造物主，當然也成了至高無上的上帝。早期道教繼承並繼續發揮這壹思想。早期道教經典《太平經》中說:“老子，道之大聖，亦是隱居之師。”妳要感覺到了，就隨黨而變，成功了就隱居。居無定所，常遠在外。.....劉洲六不足，育三界，出世法，入世法，無為，不要停止研究。“(2)張玲(或張魯)寫的《老祥子二註》也把老子看作道的化身，說“壹個是道”，“壹個散成齊，壹個聚成大老先生”。《七扇雲》卷壹道德總敘引葛玄《五千文獻序》曰:“老先生天生，始無因，經歷天地，終不盡，隨大道而轉，紮根天地，傳神十方。".....仿佛是眾神的祖先，三光璀璨，天地被賦予了生命...所以所有的聖人都住在壹起。”(4)後來南宋謝壽豪撰寫了以下著作:《混元聖紀》、《太上老君年譜》、《太上老君史》等。被反復說:“太上老君，道之主，諸教之祖，從無量本源出發，經歷天地，不可說錄。”它隨黨教，通過劫為師，說明它是否隱蔽，衡量它是沒有用的。但是，如果妳在人間教書，妳應該像太陽和月亮壹樣清楚。”⑤他還說，“王座上的老先生是大道之祖，三才之根。”⑥他說，“王座上的老先生是元氣之祖，是諸道之祖，是乾坤之根，天地之精。”⑦引唐代尹說:“老子即道之體，有內外之別，故與能應付之體不同。”①又稱他為“執柄之代，原鎮自然，故在天為諸聖，世為諸教之主。被稱為老子的人，都是道形，數目無限，或36，或72。”②他又說:“我當皇帝的時候，在玄宗中期被封為驅魔人，在玄宗時也與石天相熟，並出版了《洞天真鏡》十二部，在無量道上傳授給世人。皇帝在位的時候，有古達先生，他出版了12卷《洞穴玄晶》，把人改造成至高無上的真理。我在黃仁的時候，取名盤古先生，出了十幾本《穴道神經》，把人變成了平和無為。" ③
按照這種說法，是三孔經，都是老子做的。不僅如此，甚至還說:“老先生在黃三說的經，世人稱之為《三墳》之書，但失傳已久，說了許多年，而瓊石瑤臺，或秘龍宮中有許多寶物，真的是神所護佑，世人未曾聽說。今天傳下來的，是山中的壹滴水。”(4)也就是說，三窟之外的很多經典也是老子所作。我們知道，道教以道教為最高信仰，終極目標是修仙。這是所有道家學派的共同思想，也是道教與其他宗教的根本區別。自東漢以來，石天道教就把老子視為道教的化身，老子與道教是壹、二、壹。“道”是天地萬物的根本，那麽作為“道”化身的老子自然就成了“混沌之祖，天地之母，陰陽之主，萬神之帝”，當然也是道教的最高神。那麽，老子曾經說過要做三清，這就不言而喻了。但《太上老君日:傅三窟經》卷下有壹段“老子元初受佛影響，皆為三清道經”，與全文主旨有出入。應該是清朝上臺編輯《道藏》時增加和改變的觀點。魏晉道教中還有另外兩個神創論，壹個是元始王。另壹個是太上老君的創造，也是歷代帝王推崇和談論的。然而，在唐代，四川的“三寶洞”開始崇拜道教神靈。
到了唐朝，老君的威望更盛了。他不僅被認為是李唐王朝的祖先，而且還幫助平定天下。據說武則天篡了李唐之位，就出現在世人面前，說“武侯不革命”，“要立異姓...武侯最後怕了這個說法，不敢立武三司”。所以在天寶年間，玄宗最終尊稱他為“大聖登金闕軒轅帝”。作為唐朝第壹位也是最高的神。宋代祥符六年(1013)，標誌為“太上老君混元，去德”。
到了宋代，清派還是持這種觀點，尤龍傳甚至宣傳老君是元朝弟子，意見並不主流。上清學派的《雲起七征》除了繼續承認老子的學派領袖地位外，還特別突出了宋真宗時代出現的對聖父(趙)的崇拜。如真宗所作的《自然引論》和《軒轅傳》，都列在記錄之首，在元初的天王記錄之上，成為宋代第壹位、至高無上的神。在元代，全真被稱為老先生的遺作。