1609年，薩摩亞軍隊進攻並控制了琉球王國。為了繼續獲得貿易利益，它表面上仍將琉球視為壹個獨立的國家，允許它繼續與中國進行貿易。
1868明治維新後，日本開始放眼琉球、朝鮮、臺灣省等周邊國家和周邊地區。1872年，日本廢棄藩屬國廢除琉球王國，成為日本的琉球屬國。
1879年，日本非法吞並琉球，設立沖繩縣。二戰後，根據《波茨坦公告》第八條補充規定:“開羅宣言之條件必將實施，日本之主權必將限於本州、北海道、九州、四國及吾人所決定之其他小島。”其他小島沒有明確包括琉球群島，暫時由美國托管。1951的《舊金山和約》(註:此條約從未被中國政府承認)中規定，日本雖對琉球擁有主權，但行政權屬於美國。1972(昭和47)5月15日，美國單方面將沖繩的行政權歸還日本，但美軍仍駐紮在沖繩的軍事基地。
沖繩是第二次世界大戰期間美軍唯壹登陸的日本直接管轄的領土。第二次世界大戰後期，美軍於1945登陸沖繩，擊潰日軍守軍，沖繩也建立了八重山共和國，成立僅壹周。戰後，日本投降，被美軍占領。沖繩因為戰略位置，從1945到1972都是美軍直接管轄。1972年，美軍單方面將沖繩歸還日本，但美軍仍駐紮在沖繩的軍事基地，占據了20%的島嶼面積。12世紀，琉球群島出現南山、中山、北山，分別位於琉球群島的南部、中部和北部。
1372年，明太祖朱元璋向琉球中山王茶都下聖旨後，琉球北山、中山、南山三王開始向明政府進貢。從此，琉球成為中國的附庸。
從1390開始，琉球群島各部落的酋長進入了公中山。
1392年，明太祖見琉球對駐華使節航海有困難，特地賜善於造船航海的技師壹家三十六口遷居琉球。這是後來促進琉球海外貿易的關鍵。福建人三十六姓包括“知書者，賜醫久，以為貢品；那些學習航海的人總是為向導做好準備。“可見他們不僅擅長劃船，還擔任翻譯等朝貢相關事務。他們在琉球定居後，成為壹批代表明朝長期幫助琉球，促進中原王朝與琉球關系的優秀人員。他們的後代繁衍生息，為琉球人民做了大量艱苦的工作。
1406年，商八誌發兵造反，中山王國滅亡；此後，商八誌先後滅陜北、山南；明賜姓商，琉球第壹個商朝建立。
自直路日之亂以來，第壹個商朝內亂頻繁。尚德王時期，金丸被大臣們擁立為君主，改稱“上元”。1469年，琉球第二個商朝建立。
商貞王年間，南征八戒山及該國諸島。清朝時，攻下了奄美群島；形成了“三省三十六島”的局面。
1416年，中山王尚巴之攻克北山。
1429年，中山王尚巴之征服南山，形成統壹的琉球王國(第壹商朝)。每壹代國王都需要由明朝政府任命。明朝不幹涉琉球王國的內政。
1470年，第壹個商朝滅亡，商丹建立了第二個商朝。國王仍由中央政府授予。
1400年至1550年，琉球王國處於黃金時代，與大陸、朝鮮、東南亞、日本的商貿高度發達。
15世紀至16世紀，來自朝鮮和九州的海盜騷擾日本大陸沿海和琉球沿海。
1609年，日本薩摩在德川幕府的許可下入侵琉球。商寧國王被流放日本，被迫簽署“十五條”:琉球王國向薩摩亞投降，並將奄美群島割給薩摩亞。
1616年(萬歷四十四年)，長崎代官(相當於現任市長)村山等人奉德川家康之命，其子村山秋安率領13艘船，動員2000或3000人侵臺省。這是日本第壹次大規模入侵臺灣。然而，他的行動被琉球國王商寧發現，總經理比才被專門派往明朝報告。史明盧說:“琉球王國王中山派比才來告訴我們，日本海賊在妳們這壹帶的各個島嶼上造了五百多艘戰船，要取雞籠山，怕外溢到中國，危害閩海，所以動了咨報。”(基隆山指臺灣省基隆市)。
1654年，琉球國王與中國建交，中國派遣使節赴琉球冊封。當時的清順治皇帝封琉球王為質王，每兩年進貢壹次。
1853年5月，美國海軍準將將軍馬修·c·佩裏的艦隊抵達琉球。
7月1854，11，佩裏與日本談判結束後，趕回琉球與琉球王國政府談判，最終用琉球語和英語正式簽訂條約，開放那霸港。
1866年，琉球最後壹個王國王尚泰繼位。
1871年11月，牡丹社事件。壹艘來自琉球的漁船遭遇颶風，漂到臺灣省南部高山族居住的牡丹社。部分水兵因與臺灣省高山族發生沖突而被殺，其余被清政府遣送回琉球。
1872年，日本宣布琉球王國屬於日本的“內宗藩”，琉球群島為日本領土，從此收回琉球。並在“依附國”問題上拖延與中國的談判。
1874年，日本以“牡丹社事件”為借口，聲稱“殺琉球人就是殺日本人”，出兵侵略中國臺灣省。
1875年，日軍武力占領琉球群島，禁止琉球向中國進貢並被清朝冊封，廢除中國國號，改為日本明治國號。雖然清朝壹直堅持琉球是中國的附屬國，但李鴻章還是簽了。
1875年7月24日，日本強迫琉球國王停止向清朝中央政府進貢。
1879年4月4日，日本強行將最後壹個琉球國王尚泰流放到東京。將琉球改為沖繩縣。並開始實施野蠻的同化、奴役和殖民政策。
1879年(明治12年)，日本天皇政府推行“棄藩國立縣”政策，對琉球實施“琉球刑”，將琉球分為北部為日本領土、南部為滿洲領土兩部分，並企圖迫使中國承認。當時的琉球國王尚泰派使節向清國求援[5]。中日就琉球群島展開談判，中國提出將琉球群島分為三部分:靠近日本的奄美大島是日本領土，沖繩本島及其鄰近島嶼作為獨立的琉球王國存在，南部的仙道群島是中國領土。日方建議將琉球壹分為二:沖繩及其北部島嶼為日本領土，南部的仙道群島為中國領土。由於清廷壹些大臣的堅持和琉球人的要求，清廷最終沒有和日本簽訂這個條約，即不承認日本對琉球的主權。
1880年9月，在日本的壓力下，根據日本的二分法(不是清廷的二分法)草簽了劃界條約，仙道群島，包括宮古、石亨和八重山群島，屬於中國。雖然清廷草簽了條約，但由於日本的威嚴和恐懼，南琉球最終沒有被接受。
1882年，駐天津領事藤壹郎與滿清恢復談判，但未達成協議，琉球問題壹直拖到甲午戰爭。
1898年，日本政府征召琉球人服兵役。
1901年，最後壹個琉球王國王尚泰去世。
1916年，在日本政府的壓力下，全沖繩教師會議要求在學校禁止琉球語。
1943年，美、英、中、蘇四國首腦參加的開羅會議，同意美中共同管理琉球群島。因為中國受內戰影響，這件事多由美國負責。
1945，二戰後期，美國進攻沖繩島。沖繩島戰役後期，日軍指揮官牛石曼執行日本政府下達的所謂“破玉令”，要求當地駐軍殺光所有琉球人。據不完全統計，在美軍登陸琉球之前，日軍屠殺了26萬多琉球人，屠殺規模僅次於南京大屠殺。
1947年4月，聯合國通過《日本委任統治島嶼協定》，將北緯29度以南的琉球群島和釣魚島交由美國“托管”。
1951年，日美在沒有中國代表參與的情況下簽署了《舊金山和約》，確認日本對琉球群島擁有主權，但美國繼續行使行政權。
1971年，美國與日本簽訂《美日舊金山和約》，將琉球“行政權”交給日本。
1972年，美國將琉球群島的行政權移交給日本，沖繩縣成立。
1995年，沖繩被美國駐軍士兵輪奸，抗議少女。沖繩曾經舉行過約8.5萬人的大規模反美示威，要求美軍撤出沖繩。
2000年，八國峰會在沖繩的拿高舉行。
2013年5月4日，中國外交部下屬刊物《世界知識》發表專題文章，根據日本吞並琉球(沖繩)的事實和1971的“-美國沖繩協定”的內容，得出日本對琉球沒有主權的結論。