當時，KMB已經在屯門和元朗發展了巴士網絡，其中約有65，438+00條路線與規劃中的鐵路網絡重疊，並為公司賺取了大量利潤。可惜，政府想引入“輕鐵專營區”的概念，最終迫使KMB放棄屯門至元朗的部分巴士路線(例如59，61，62)，以換取KMB經營屯門至荃灣、葵湧及西九龍市區的多條巴士路線(例如58X、59X及67X)。此外，政府亦推出壹些措施，限制KMB在專營區內上落乘客，並批準KCRC經營接駁巴士接載乘客往區內的LRT車站，以取代KMB及GMB的原有路線，從而維持LRT的營運利益。
LRT原定於8月8日通車，1988。然而，同年6月至7月LRT試運行期間，發生多起涉及路人和其他道路車輛的傷亡交通事故，被政府下令禁止試運行，LRT未能於8月8日通車。輕軌系統最終於9月1988正式通車。通車初期，大部分路段都在屯門，只有壹段是沿青山公路通往元朗。在路線方面，屯門區只有3條路線，包括壹些公共屋和私人屋。三條路線分別是:到東南的安定村；去西南面的屯門碼頭；並經青山公路至東北部的元朗。KCRC還購買了70輛電動列車，之後在1991又購買了30輛(其中10沒有駕駛室，只能用於牽引貨車)，之後在1997又購買了20輛(詳見“使用車輛”)。
65438+1993年6月1日，在居民的強烈要求下，取消了巴士限制區，屯門至元朗及市區的巴士路線亦在區內分段收費。輕鐵系統的延線1位於屯門東部及南部。東支線自正線趙康站延伸，經1高架橋橫跨屯門河，沿青山公路前行，最後經壹座高架橋在屯門市中心北面與正線連接。南部支線連接屯門碼頭和安定村，安定村建在新填海的“老鼠島”上。支線上，修建壹條小支線，連接青山灣附近的三聖村。2月2日新支線開通後，1992兩條輕軌線路需要重新安排(505線延伸至三聖站，506線止於友愛)，1接駁公交線路(559)取消。第二條支線位於元朗西部的天水圍。天水圍原本只是壹個魚塘，但在1990年代初期逐漸發展成為壹個新市鎮，隨著人口增長，對交通的需求也隨之增加。因此，LRT決定在青山公路主線湯芳村站附近的灰沙圍修建1至天水圍的新支線。新支線於1993 65438+10月10通車，設有四個車站(坑尾村、天鑰、樂虎和田瑞)連接該地區的主要住宅區。此外，還有兩條新路線投入服務，分別是1至屯門(720，天水圍至屯門友愛，13之前，12由元朗站至屯門友愛，722由小崗站至天水圍)及1。隨後幾年，天水圍繼續快速發展。1995，輕軌新增兩個車站:翠湖站和天水圍站(現“田蓉站”)。
對居住在屯門和元朗的居民來說，輕鐵系統壹直是壹種重要的交通工具。直到2003年2月20日西鐵通車，65438+地位才有所改變。九廣鐵路公司已將輕鐵重新定位為區內連接西鐵的交通工具。這壹改變不僅重組了線路，還在天水圍新市鎮增加了兩條延長線和11站，使天水圍的輕軌網絡形成兩個環線，自成壹國。雖然這壹變化相當大，但KCRC已經以不劃算為由停止購買新車，導致LRT車隊在高峰時段不堪重負，受到天水圍居民的詬病。但很多其他地區的汽車都被調到天水圍來滿足需求，卡車少了，汽車更供不應求，更擁擠。65438+2007年2月2日，九廣鐵路系統和香港地鐵系統合並為港鐵。對LRT的影響相對較小。只有車站及車廂的標誌有所改變，而車費及轉乘規則則暫時維持不變，而附例則改為《地下鐵路(西北鐵路)附例》。雖然合並降低了鐵路票價，但輕軌系統不包括在內，這受到了該地區居民的批評，只有2008年9月28日開始的學生乘車優惠除外。