自16世紀以來，人們圍繞這個問題提出了各種各樣的猜測和假設。更早的推測來自於當時進入美洲大陸傳播“福音”的傳教士。壹位西班牙牧師認為，原本居住在巴勒斯坦北部的希伯來人部落，在公元前7世紀因為戰爭而投靠了美洲，他們才是美洲人的真正祖先。《多語種聖經》壹書出版於16世紀中葉。還指出美洲原住民的祖先是《聖經》人物諾亞的兒子希姆。其他人，基於古老的傳說，相信大西洋中曾經有壹個亞特蘭蒂斯島，在壹次地震後被摧毀。島上的居民紛紛逃亡，其中壹部分人來到美洲，成為印第安人的祖先。這種猜測顯然不可信。19世紀以來，隨著考古學和古人類學的迅速發展，壹種認為印第安人是民族遷徙的結果的觀點開始流行。許多學者提出，鑒於北美地區長期的考古發掘，至今未發現猿類或直立猿類等人類近親的遺骸，可以斷定美洲印第安人是由從西伯利亞遷徙而來的蒙古旁系人種或蒙古之前的人種衍生而來。美國的亞歷克斯·約翰·古德利克持這種觀點。英國學者赫頓·布羅德裏克、中國學者黃等。壹般來說，關於遷徙路線，他們認為是從阿拉斯加島經北美西部的白令海峽登陸的。但是，對於具體的遷移時間有壹些不同的看法。有人認為是大約25000年前的最後壹次冰期，也有人認為至少是50000或60000年前，或者只有10000年左右。在“白令海峽理論”的基礎上，中國學者還提出了引人註目的“華北人理論”。這壹理論指出，從1972年到1974年，在中國河北省陽原縣虎頭梁村附近的地層中發掘了200多個楔形石核，這些石核與北美阿克馬克印第安人遺址中發現的類似。因此，有理由認為，美洲印第安人的祖先，很可能是來自中國北方的古代獵人通過戈壁灘、中國東北、西伯利亞和白令海峽進入美洲的。認為印度人是亞洲蒙古人後裔的學者，很多都是從民族學上尋找證據。他們準確地指出，美國印第安人在種族特征上與亞洲人最相似，比如頭發又黑又硬，頭發稀疏，臉型扁平，顴骨突出，皮膚發黃。因此，可以肯定印度人屬於亞洲人種的壹個分支。作為對上述意見的補充，有些人還提出大洋洲人(澳大利亞人、毛利人和波利尼西亞人等。)也是壹些美洲印第安人的祖先。他們認為南美印第安人和亞洲蒙古人在種族特征上有壹些不同。受大洋洲影響，部分地區出土的古人類化石具有身材矮小、下巴突出、顱骨突出、眉弓突出等特點。此外，在最早的印度語言中，有數百個單詞被認為來自大洋洲。還有壹種不同意見認為美洲印第安人的祖先來自南北極，指出地球形成後，南北極先開始降溫；所以是最早具備生態條件的地方，可以生長動植物，甚至可以養育人類。與上述“移民理論”不同，少數學者提出了美洲印第安人是土著的觀點。美國的薩繆爾·莫爾頓和瑞士的路易斯·阿加西斯等研究人員堅持這壹觀點。他們明確表示，正如世界上其他大陸可以產生其他種族壹樣，美洲大陸的生態條件和生長環境也可以產生自己的種族。美國印第安人是在美國出生和長大的壹個例子。他們在美國的各個角落孤立地進化到了全盛時期。有些人甚至進壹步認為，地球各地的人類起源於美洲，然後傳播到世界各地。所以基於這種觀點，他們提出了“美國是人類的搖籃”的論點。美洲印第安人的起源是隨著美國“新大陸”的開辟而產生的。經過幾個世紀的探索和爭論，雖然出現了各種觀點和假說，但無論哪種說法都無法準確回答，人們仍然很難對美洲印第安人的起源給出科學的答案。