在死後，內閣首輔張、開始把時間浪費在政治上。李太後越來越老，他再也不能控制明神宗了。萬歷十七年(1589)元旦，明神宗以日食為由，推辭不拜年。萬歷十七年十二月，大理寺左評論家說，明神宗嗜酒、色、財、氣。第二天，內閣大臣王家屏又去上書，請他罷官。最終，明神宗30年沒有上朝，只在萬歷四十三年(1615)，才勉強在金殿露面。很多朝臣都沒有見過皇帝，過了這個時期，明朝國力進壹步衰落。
此時努爾哈赤領導的女真族在東北崛起，成為明朝的大災難。
明神宗長期未能建立預備隊成為朝臣紛爭的結局，也無意中成為林東黨人會議的開端。萬歷二十二年(1594)，想讓的兒子朱做太子時，朝臣們壹般都讓皇帝的長子做太子，於是朝廷上就發生了壹場國難。吏部文選學家顧憲成試圖做“無領袖”，觸犯了明神宗。首輔王希爵將辭職，顧憲成推舉王家屏為首輔，而王家屏也是壹方領袖，於是顧憲成再次怒斥明神宗被革職回鄉。
萬歷三十二年(1604)，吏部大夫顧憲成因得罪皇帝被革職。他在家鄉無錫東林書院與高攀龍、錢壹本等講學。“講學之後，常諷刺、評斷人”，常與東林書院的人談論政事得失。他們逐漸形成了壹個反對派團體，被稱為“林東黨”。
萬歷三十三年(1605)，黨人楊士橋、左都欽差大臣問春主持義思進京考察。《圭司》問世已有十二年，其間爆發了“偽楚王案”，形成了沈與沈李的鬥爭。沈禮趁機貶了錢孟臯、鐘召鬥，以及欽差大臣張思渠、於永慶、沈。是否有上下兩個區間；士大夫爭強好勝，三者也；藏得多，積得多，會有四個問題；盛豐齊Xi的情況越來越糟，而且是不可逆轉的。
萬歷三十九年(1611)，辛亥北京巡檢司由時年80歲的吏部尚書孫丕揚主持。許、周永春等人曾計劃推翻，但被吏部右禦王計劃所阻止。這壹時期朝廷的黨爭形成了南黨北黨之爭，互相攻擊。京畿刺史徐兆奎說:“林東所到之處，可使南北夾攻，得黨依附。”以後內閣大臣長期缺員，萬歷皇帝也不理他。葉上書內閣100余次，認為:“今從內閣大臣到九卿臺省，曹系空虛，南九卿只剩第二個。”“陛下不顧壹切，以為天下如此之長，恐禍不可收拾。”吏部尚書孫丕揚曾推薦過沈禮、郭正域、顧憲成、趙南星、高攀龍等。，但宗申沒有理睬他們。
萬歷四十五年(1617)，浙江黨高級官員鄭繼之主持丁思進京視察，這是宗申王朝最後壹次進京視察，齊、楚、浙三方聲討驅逐林東黨。至此，親信之爭愈演愈烈。
在泰昌元年(1620)遷宮案中，楊煉、左光鬥等林東黨員為朱由校太子繼位立下功勛，、高攀龍、顧、夏佳羽、周宗鑒等被重新啟用。天啟三年(1623)，黨主檢京，又追齊、楚、浙黨。明朝後期對北京官員的評價制度成為黨爭的工具。明朝末年，國子倪說:“當初皇帝不動聲色地拍照，聽那些為自己而戰而不為的大臣和工人說。所謂鼠鬥，勇者勝耳。所以，當時他的血是神秘的黃色，贏了就敗了。”
天啟三年(1632)，主掌吏部，對詩學、趙興邦、關穎珍、等浙黨、戚黨、宣黨官員“先朝結黨，政亂”，提出罷黜。
萬歷三大遠征是中國明朝萬歷年間寧夏戰役、亳州平叛戰役和朝鮮支援朝鮮抗日戰役的總稱。寧夏之戰。也就是鎮壓崇拜的反叛。查白原本是蒙古族。嘉靖年間，他倒向明朝，升任京師都指揮使。萬歷二十年二月，與兒子許承恩、、許雲、修等和解。，又命劉東垣，軍鋒，造反。此後，左東自稱為連長，拜他為師。明朝廷特調副將馬貴來助，還調李為寧夏總連長，與浙江路禦史梅國楨監軍，統壹遼東、宣達、陜兵、浙兵、苗兵進行圍剿。把寧夏城團團圍住，決定把城灌滿水。叛軍失去外援，城內彈藥和糧食告罄，同時城內失火，壹切朝拜混亂平息。博州地處川、黔、鄂之間，山川險要，距離萬裏之遙。自唐陽端起，楊世代統治此地，接受中央皇朝的任命。明初，附之，明任命其為亳州宣威使。萬歷初任亳州宣慰司使。他驕橫邪惡，萬歷十七年公開作亂。明朝廷起用前欽差大臣兼兵部侍郎李華龍，統管川湘黔三省軍務，將劉戈、馬圭、陳琳、董以遠等調至南方。二十八年，征兵，二月，在巡撫李華龍的指揮下，明軍分成八路。六月，明軍入城，播州太平。後來又分為遵義和平嶽，分屬四川和貴州。朝鮮之戰。也就是抗美援朝驅逐日本的戰爭。萬歷二十年，在日本執政的豐臣秀吉命令加藤清正和小西行長進攻朝鮮釜山，渡過天津河，向王靜(漢城)進軍。朝鮮國王李雲縱情聲色，放松軍備，軍隊壹敗塗地。朝鮮八路幾乎全部淪陷。在這種形勢下，明廷應朝鮮要求出兵援朝。11月，戰爭基本結束。三次戰役雖然取得了勝利，但也給明朝的人力物力造成了巨大的損失，成為明朝滅亡的重要原因之壹。
“三大功勛”是萬歷48年執政中僅有的顯著成就。之後萬歷隱居深宮，做了20多年的“隱居皇帝”。
萬歷四十六年、天命三年四月(1618)，愛新覺羅努爾哈赤痛斥“七大恨”，正式反叛明朝。萬歷四十七年(1619)三月，明軍在薩爾滸與後金作戰。當時明軍援建遼師大，葉赫急著求援。明部左侍郎、遼東右禦史高陽二月宣誓就職，希望消滅後金，解除東北邊防的威脅。由於明朝指揮不當，明軍進入伏擊圈，前後夾擊，全軍覆沒，朝鮮援軍也投降了。薩爾滸之戰，明軍損失慘重，隨後金軍聲勢大振。六月、八月，開原、鐵嶺、馬林等地被俘，被殺。從此，後金與明朝的攻守態勢發生逆轉，後金軍隊開始了掠奪征服明朝的戰爭。紅色藥丸之謎
萬歷四十八年(1620)，明神宗死於七月。八月，朱常洛即位，改元太常，為明光宗。
7月22日、24日，他即位前，在遼東前線共向明軍繳納壹百六十萬兩，重用名將熊廷弼對抗後金崛起，緩解了薩爾滸之戰後前線的困境。光宗還相繼重用黨員，使朝政轉危為安，但僅僅過了1個月，就因服用李服用的紅丸而死，太陽穴壹裂，史稱“紅丸案”。然而，十幾年來不受父親寵愛的光宗卻高興得不得了，替他收下了鄭貴妃的八大美女。因為房事太多很快病倒，太監崔文生吃了瀉藥，連瀉三四十次；8月29日，他在9月1日服用李的紅色藥丸後突然死亡，年僅39歲。雁蕩幹政
泰昌元年(1620)九月壹日，明光宗病逝，16歲的皇帝長子朱由校即位，改聖旨為明熙宗天啟。
明熙皇帝即位後，魏忠賢開始繼位。天啟三年(1623)十二月，魏忠賢被任命為東廠提督，壹時間廠衛之毒傳遍天下。壹大批對魏忠賢不滿的官員慘死獄中；壹大批不要臉的人紛紛依附他，有“五虎”、“五虎”、“十子”、“四十孫”等名字；壹群馬屁精到處為他建神龕，浪費了幾千萬人和錢。他自稱九歲，打擊異己，專斷朝政，以至於人們“只知道有個忠君，卻不知道有個皇帝。”天啟七年(1627)，朱由檢即位後，大力懲治閆當，處理魏忠賢十大罪狀，下令將其緝拿歸案。他得知此事後上吊自殺了。崇禎二年(1629)，其余各方被徹底消滅。
此時的明朝正處於饑荒頻發、內亂不斷、外患持續的狀態，明朝岌岌可危。
天啟七年(1627)，八月，明熙宗在幹青宮病逝，遺書上寫著:“皇五弟，忠君將為皇位繼承人。”朱由檢當天晚上就入宮了，第三天就當上了皇帝，明年就是崇禎元年。這是明思宗。
朱由檢即位後，首要任務是從魏忠賢手中奪權，而魏忠賢因為熙宗早逝，失去了靠山。雖然他手中仍有相當大的權力，但他不敢像以前那樣囂張了。9月，魏忠賢向東廠提出辭職，但朱由檢不批準；他還“懇求停止參拜”，但只允許壹點點。10月後，魏忠賢集團內部分裂，有人彈劾魏忠賢。朱由檢立即給魏忠賢做了手術。先是下令將魏忠賢安置在鳳陽，然後下令逮捕。魏忠賢聽後上吊自殺。由此，朱由檢真正掌握了國家權力。滿清的崛起及其對明朝的侵擾。參見丁卯的莽撞，丙子的莽撞和他的變化。
天啟六年(1626)，努爾哈赤兵敗沈陽。治療後死亡。皇太極是後金可汗。皇太極即位後，調整滿漢關系，讓自己統治下的漢人找到自己的工作。他改單於為帝後不久，即崇德元年(1636)，東侵朝鮮，既消除了對明戰的後顧之憂，又擴大了軍事實力。皇太極采取的這些措施也迅速鞏固了他的統治。
崇禎二年(1629)，皇太極改繞過長城進犯北京。袁崇煥緊急回軍，在北京廣渠門與皇太極對峙。經過六部九大臣的聯合審理，袁崇煥最終被殺，這就是眾所周知的改朝換代。後來皇太極多次遠征蒙古，終於在六年後(崇禎八年)徹底擊敗了李丹汗。次年，在盛京稱帝，改稱大清，並通過長城五次入侵明朝直隸、山東兩省。當時的直隸連年遭受饑荒和疫病，人民生活水深火熱。遼西的形勢也日益惡化。清軍與明軍多次交戰，最終於1640年占領錦州等地。明軍主力洪承疇投降，明軍退守山海關。大陸農民起義的爆發。參見李自成、大順政權、大西政權。
明朝中期以後，農民起義經常發生，崇禎時期，政府混亂，官員腐敗昏庸。與後金的戰爭帶來了大量對遼俸祿的需求和清兵的掠奪；並且由於小冰期氣候寒冷，農業減產帶來全國饑荒，加重了明朝人民的負擔。
崇禎三年(1630)，李自成跟隨高迎祥起義，綽號“姜闖”。崇禎九年(1636)八月，高迎祥在戰鬥中被俘犧牲，李自成被提升為王。經過九年多的戰鬥，李自成成了農民軍的領袖。他率領的部隊是鐵甲戰士，逐漸成為各路起義部隊中舉足輕重的隊伍。
崇禎十七年(1644)三月，大順軍在北京城下會師。李自成指揮大軍攻打九門。大順軍將士奮力攻城，飛天梯攻占外城。與此同時，太監曹化淳投降了。崇禎皇帝聽說城破了，立刻命令三個兒子換了衣服逃走，逼著周皇後上吊，砍傷了長女樂安公主的手臂，殺死了幾個妃子。然後穿上便服，帶著王承恩等幾十名太監出了東華門，企圖逃跑，但沒有成功，又回到宮裏。十九日淩晨，李自成大軍進攻內城。崇禎皇帝親自搖鈴召集數百名官員，卻無人響應。崇禎皇帝見大勢已去，與太監王承恩進入內園，在景山公園(景山)的壽皇閣下坐地，明朝宣告滅亡。
李自成攻陷北京後，縱容部不惜在京城大肆掠奪，失去民心，未能及時對付駐守山海關的明將軍吳三桂。結果絕望的吳三桂帶領清軍入關。4月21日，李自成領兵攻打吳三桂，失敗。四月二十九日，李自成趕至武英殿即位，半夜燒了皇宮和九門城樓，退守西天。大順軍只在北京駐紮了41天。之後大順部隊內部紛爭不斷，戰鬥力大損，在與清軍作戰時也屢戰屢敗。
五月初二，清朝攝政王多爾袞進京。多爾袞為了安撫漢人，下令為崇禎皇帝舉行葬禮，臣民哀悼三天。十月，順治皇帝進京。北京開始成為清朝的首都。