程心的航行像壹顆信息炸彈壹樣傳播開來，四面八方的文明聞訊而動。DX3904不是裸星，有兩顆行星，像地球的藍星，像月亮的灰星。探險隊和關壹帆壹起已經先行壹步來到了DX3906的兩顆行星上，考察地質地貌，然後藍星上只剩下關壹帆在等待程心。雲田明也跟著去了，但是因為程心跟著關壹帆去灰星查信息源，回來的時候遇到了死線傳播。飛船被囚禁在低光速的黑暗區域，過了十六天才出來。在這十六天裏，藍星和它周圍的外界已經過去了壹千八百九十萬年。在這1890萬年裏，雲和路過的艾AA，度過了幸福的生活，甚至創造了文明。雲田明給了程心和關壹帆壹個小宇宙。這個小宇宙是獨立於時間的，程心和關壹帆可以在其中度過壹生。在這個小宇宙裏，有機器人管家直子和另外三個勞動機器人照顧他們的生活。他們種植小麥以確保有足夠的食物。
程心和關壹帆研究了小宇宙中的三體人物，了解了三體文明和歷史。程心也開始寫回憶錄，也就是本書開頭出現的《超越時間的過去》。
在雲以前講過的童話裏，露珠公主和長帆終成眷屬。雲田明似乎掌握了預測未來的技術。雲田明本來是想插手的，所以趕去乘坐光速飛船，但正是他的軌道幹擾了死線，造成了擴散，把程心和關壹帆困在了黑域。結果，他們再也不能見面了。
雲田明的《三體世界》有壹套成熟的制作小宇宙的技術，已經制作了幾百個。宇宙中的其他文明也創造了很多，這些小宇宙帶走了大宇宙的質量。後來，程心和關壹帆通過超膜廣播收到了歸零者發布的回歸運動聲明，要求小宇宙把質量還給大宇宙。
如果大家都不歸還，宇宙會永遠膨脹下去，恒星會壹顆接壹顆地熄滅，瓦解成稀薄的星雲，直到幾乎什麽都沒有，宇宙會變成壹座空無壹人的墳墓。但是小宇宙永遠存在。
如果讓小宇宙回歸，大宇宙將坍縮成奇點並發生新的大爆炸，壹個可能超過十個維度的新宇宙將再次誕生。
《三體三:死亡不滅》結局公開。作者沒有告訴我們宇宙最終是無限膨脹還是坍縮，也沒有告訴我們程心和關壹帆何去何從，他們最後的生活是怎樣的。
但是這本書的寫作是閉環的。在故事情節中，起初，雲送給壹顆距離太陽系386.5光年的恒星DX3906。站在地球上，只能看到。後來太陽系是二維的，地球消失了，再也看不見了，但是程心來到了這顆恒星星球。從頭到尾呼應。