後來人們逐漸發現，酒的味道，釀造時間的長短，甚至釀造的成功與否，都與原料有關。通常糧食受潮後會發黴或發芽，只有發黴或發芽的糧食才能成為酒。所以人們把這些發黴或者發芽的糧食做成最原始的酒曲，也是發酵的原料。隨著釀酒技術的普遍發展，酒曲已經成為釀酒質量的秘密，但古代人們並不確切知道酒曲是如何工作的。在古代，壹些哲學家推測微生物的存在。比如佛經裏說“壹壺水抵八萬四千蟲”。在我國宋代的釀酒著作中，已經明確記載了用強力發酵的方法撇去發酵罐內液體表面的漂浮物，稱為“酵母”，風幹後可制成“幹酵母”，可長期保存。古代絕大多數人都不知道微生物生命的存在，更不要說了解和認識微生物了。而這些微生物起主導作用的釀造發酵過程卻在對微生物壹無所知的情況下繼續進行。人們根據生產生活實踐中偶然獲得的靈感和經驗，產生了玉液瓊漿。這種“知其然而不知其所以然”的情況壹直延續到現代。現代科學終於解開了這個謎。
17世紀下半葉，顯微鏡發明，人們逐漸認識到微生物的存在。到19世紀中葉，法國著名生物學家巴斯德(1822-1895)通過實驗發現酒精發酵最初是由活酵母引起的，從而揭示了微生物與發酵的關系。後來發現，在釀酒過程中加入所謂的“酒曲”，是因為酒曲上生長著大量的微生物(如酵母)，這些微生物分泌的酶(如澱粉酶、糖化酶、蛋白酶)，酶具有生物催化作用，可以加速谷物中的澱粉和蛋白質轉化為糖和氨基酸。糖在酵母酶的作用下分解成乙醇，也就是酒精。在古代，人們用來釀酒的分蘗也含有很多這樣的酶，具有糖化作用。分蘗本身的澱粉可以轉化為糖，然後在酵母的作用下轉化為乙醇。同時，酒曲本身含有澱粉和蛋白質，也是釀造的原料。
酵母是釀造各種酒的靈魂。世界上每壹種聞名於世的葡萄酒都使用了優良的酵母。比如在日本，朝日啤酒生產的每壹種葡萄酒都使用不同的酵母，朝日啤酒中央研究所甚至有壹個“酵母銀行”，儲存啤酒生產所需的500種酵母。比如定位於醇厚爽口的朝日生啤酒，源自代號“508號酵母”，定位於超爽啤酒，選自“365438號+08號酵母”。
中國著名的青島啤酒也使用純德國酵母。這裏還有壹個鮮為人知的故事。
1903年，德軍占領膠東半島，在青島建立釀酒廠。當時德國的管理者嚴格按照德國釀造法釀造青島啤酒——使用優質麥芽和著名的巴伐利亞啤酒花，用純酵母，不添加任何輔料。但那些德國人怎麽也不會想到，這些小小的酵母會在中國傳承壹個多世紀，為中國乃至世界的啤酒行業譜寫傳奇詩篇。
在接下來的時間裏，經過十幾年的努力，幾代管理者使釀造青島啤酒的酵母更加穩定，很好地延續了德國風味。雖然歷史記載表明青島啤酒廠對工廠和工藝做了壹些修改，但在酵母的使用上從未被取代。
上世紀40年代中期，坎坷的青島啤酒酵母被國民黨政府接管，青島啤酒的生產並沒有完全延遲。當時，為了提高青島啤酒的質量，管理人員特地從中國和臺灣省邀請了壹些優秀的技術人員加入進來，進行專門的技術研究。經過壹番努力，酵母的性能得到了有效的保存和提高，為青島啤酒日後的快速發展奠定了基礎，包括中國著名的啤酒專家朱梅。
在國民黨軍隊撤退的過程中，其實有壹段刻骨銘心的歷史，青島啤酒酵母幾乎被人為破壞殆盡。84歲的青島啤酒原總工程師、享譽海內外的中國著名啤酒釀造家、啤酒行業有突出貢獻的技術專家吳耕永回憶說，駐青島的國民黨軍隊撤退時，曾多次派人到青島啤酒廠，試圖破壞廠房和工藝設備，據說青島啤酒廠的主體建築和圍墻下埋有炸藥。出於對青島啤酒的責任感，也為了留下壹些酵母作為中國啤酒工業傳承的火花，青島啤酒的員工自發組織起來，用勇氣和正義保護青島啤酒的百年酵母。多虧了許多正直的青島啤酒釀造者的努力，酵母才沒有被破壞。
隨著新中國的誕生，青島啤酒酵母終於迎來了新的光明征程。視酵母為生命的青島啤酒人，終於拿回了酵母百年的“撫養權”。為了更好地保護和提高酵母的純度和釀造特性，青島啤酒委托具有國際技術水平的專業機構對酵母進行保藏，並不惜重金建立了功能齊全的酵母種子庫和科研中心。
酵母在葡萄酒釀造過程中起著重要的作用，也用於酒精工業的大規模生產。尤其是在能源危機、汙染嚴重的今天，酵母的貢獻可謂“無限”。目前，世界各國都鼓勵發展替代石油的清潔能源燃料乙醇，而在我國，我們主要支持以馬鈴薯、甜高粱、纖維資源等非糧原料生產燃料乙醇。預計到2020年，中國生物燃料消費量將占全部交通燃料的15%左右。酵母是燃料乙醇生產中不可替代的發酵劑，其作用非常關鍵。安琪酵母有限公司研發培育的耐高溫超級葡萄酒酵母，使葡萄酒產量提高了15%，這是世界發酵界的奇跡，該項目還獲得了國家專利。