最知名的有建業、建康、應天、金陵、天京。
詳細解釋:
今天南京的行政建制應該是以戰國時期楚國建立的金陵城為藍本。從此，“金陵”成為古代南京的俗稱。在此之前，今天南京的春秋時期吳越所建的冶城、渡城，都不能算行政設置。此外，春秋時期，吳國曾分別在南京郊區的六合、高淳設置堂邑、萊渚，這也是當時縣級的行政設置。
秦時金陵故裏有秣陵、丹陽、江城三郡。他們的縣分別位於江寧縣秣陵關附近、江寧縣楊曉丹附近和棲霞山附近，均屬縣管轄，而堂邑縣屬東海縣管轄。漢代仍保留上述四郡，並增設湖熟郡(郡址在江寧縣湖熟鎮)，其中穆陵、丹陽、江城、湖熟均屬揚州刺史丹陽郡管轄(郡址在安徽宣城市)，堂邑屬徐州刺史臨淮郡管轄。
三國時期，孫吳改秣陵為建業，意為“建帝大業”，定都，並將揚州刺史、丹陽郡移至建業。西晉初，重建業為“建業”，西晉末，建業改為“建康”。所以東晉南朝(宋、齊、梁、陳)的都城都叫建康，也是揚州刺史的總部和丹陽郡的所在地。所以六朝金陵既可命名為都城——建業、建康，也可命名為州——揚州、郡——丹陽。但“建業”只是西晉三十多年的名稱，揚州刺史站和丹陽郡也是西晉時在建的。
六朝時期，金陵的縣級設置變化很大。孫吳有建業郡、丹陽郡、湖熟電農、江城電農；西晉時有建業縣(後改稱建康縣)、秣陵縣、江寧縣(初稱臨江縣)、丹陽縣、湖熟縣、江城縣、堂邑縣。東晉時，除保留西晉時設置的郡縣外，還設置華僑定居中原地區南遷的民眾，如瑯琊、東海、東平、蘭陵、衛、廣川、萊文、堂邑等郡，懷德(後改為費縣)、臨猗、，即邱、肥鄉、元城、廣川、北新鎮等。劉宋前期，建康縣、秣陵縣、丹陽縣、江寧縣、湖熟縣歸丹陽縣管轄，楊度縣、費縣即邱縣、臨猗縣、江城縣歸南瑯琊縣管轄。後來，衛、廣川、萊文、堂邑四個華僑縣被撤銷，秋飛、三個華僑縣也被撤銷。南氣沒有變化；梁瀟建立時，設夏彤郡，棄湖熟郡，復費縣，改南瑯琊郡為瑯琊郡，分丹陽郡、南丹陽郡。瑯琊縣轄江城、臨猗縣、飛三縣，丹陽縣轄建康，轄建康、醴陵縣、夏彤三縣。陳棄南丹陽縣、瑯琊縣，新設建興縣，轄江城、臨猗、、湖熟、建安、巫山六縣，丹陽縣轄建康、秣陵、江寧、丹陽、費五縣。
隋唐時期，金陵的行政設置變化最大，主要是揚州大都府從金陵遷至江都，金陵降為普通州縣，州縣名稱和隸屬關系反復變更。當時金陵是最常用的通稱，隋朝常稱江州，唐代常稱白下、上元、江寧、嵊州。具體來說，滅陳後，丹陽、建鄴二縣被廢，建康、丹陽、費、江城、臨猗、、湖熟五縣也被廢，只保留江寧縣，與溧水縣壹起劃歸江州管轄，設金陵石鎮，堂邑縣改名六合縣，歸江都縣管轄。楊迪改稱江州為丹陽縣。唐朝時，江寧縣改為歸化縣，歸化縣改為金陵縣，金陵縣改為白下縣，白下縣改為江寧縣，最後江寧縣改為上元縣，隸屬潤州，設立鄢陵(今丹陽市鄢陵鎮)、丹徒(今鎮江市)。縣設丹徒、丹陽縣、江寧縣、江寧縣。嵊州下轄上元(江寧)、溧水、溧陽、句容四縣。柳河縣屬揚州管轄。
五代十國時期，楊武在金陵設總督署，後又設上元、江寧兩縣。解州都督府改為金陵府，定為西都。南唐建國後，以金陵為都城，金陵府改為江寧府，轄上元、江寧、溧水等縣，六合設雄州。
北宋初，江寧府改為嵊州，不久改稱江寧府，轄上元、江寧、溧水、溧陽、句容等縣。南宋時，江寧府改為建康府，先後由江南東路、江南路(相當於元明清時的省壹級)管轄。北宋建康府仍轄屬江寧府的五郡。柳河縣是壹個真正的州。
元初仍名建康府，後改名建康路，後稱慶忌路。隸屬江淮省和江浙省，壹度成為江南各路禦史臺所在地，管轄江浙、湖廣三省。慶忌路轄上元、江寧、句容、溧水、溧陽。柳河縣屬揚州路。
明朝建國後，應天府(朱元璋於1356年改慶忌道為應天府)為南京，1378年選南京為都城，1421年選北京為都城，恢復南京名稱。明初應天府轄上元、江寧、溧水、江浦、句容、溧陽，六合、高淳二縣次之。
清朝初年，南京改為江南省，應天府改為江寧府，所轄八縣不變。之後江南省又分為江蘇、安徽兩省，江寧府歸江蘇巡撫管轄，巡撫公署設在蘇州，但管轄江蘇、安徽、江西三省的兩江巡撫公署設在江寧。
太平天國時期，江寧府改為天京，以天京為中心，以浦田為中心。清軍攻陷天京後，江寧府改名如前。
辛亥革命後，民國定都江寧府，改江寧府為南京府，廢除上元、江寧兩縣。江蘇省遷都北京後，由蘇州遷至南京，廢南京府，設江寧縣，設金陵路，轄江寧、江浦、六合、高淳、溧水、溧陽、句容、丹徒、丹陽、金壇、揚中。1927年，國民政府定都南京，廢金陵路。南京先後被稱為“南京市”、“南京特別市”、“南京直轄市”、“都城”，其轄區明代在南京城外，江浦縣浦口鎮。江寧縣屬江蘇省政府管轄。1929江蘇省政府從南京遷至鎮江。
建國初期，南京還是直轄市。1952年改為江蘇省轄市，為省人民政府駐地。自1957下轄江寧、江浦、六合三縣，自1983下轄溧水、高淳三縣。