新中國成立後，由於帝國主義的經濟封鎖，海關業務大大減少。1950年初，國務院決定撤銷重慶海關。十壹屆三中全會後，為適應改革開放的需要，1980年5月，國務院批準設立中華人民共和國重慶海關，負責四川省進出口海關業務，總面積56萬多平方公裏。同年8月28日，重慶海關監管的第壹艘裝載4000噸出口鋼材的船舶駛離重慶港，從此“長江上遊第壹關”正式開關。
1984年7月，重慶海關升格為正廳級，下設成都海關分署。1989年7月成都海關直屬海關總署。除重慶外，重慶海關還管轄自貢、瀘州、宜賓、萬縣、涪陵、大仙、南充、廣安、巴中等川東、川南58個縣(市)，關區面積23萬平方公裏。1997年3月，八屆全國人大五次會議通過決議，設立重慶直轄市。同年8月1，海關總署將重慶關區範圍調整為重慶行政區劃，面積8.24萬平方公裏。
1995 5月12日，國務院批準在重慶經濟技術開發區和萬縣設立海關，隸屬重慶海關。1998年6月，重慶經濟技術開發區海關、萬縣海關經過近三年的籌備，正式開關海關業務。1999年6月，重慶海關走私犯罪偵查分局成立。2003年6月65438+10月1日，重慶海關走私犯罪偵查分局更名為重慶海關緝私局。2003年6月18日，萬縣海關更名為萬州海關。