1，1996:工藤新壹中毒了，變成了江戶川·柯南。在醫生的幫助下，他漂洋過海住進了毛利人的偵探所。開始使用醫生的工具進行推理。2.1997:柯南被“黑暗組織”綁架，“幕後兇手”竟然是傑作和惡作劇；平吉出現，得知柯南的真實身份；Kaito Kuroba首次亮相。3.1998:柯南走投無路，連續遭遇兩起重大殺人案；蘭開始勸說小五郎與英利和好。4.1999:神秘成員“雪莉”(海原愛)出現。因為唯壹的妹妹被琴酒殺死，她試圖脫離黑暗組織，吞下APTX4869，變小後被阿笠博士收養。2000年5月:蘭花與葉禾和解；柯南受傷時，蘭懷疑柯南是新人，獻血救柯南，少年偵探隊脫離生死之地；新壹回來了。6，2001:葉禾渴望永遠留在臉，美洲島上發生了壹起命案，平治差點掉下懸崖；佐藤開始暗戀高木。7.2002年:大阪發生悲劇；柯南發現外教朱迪和壹個叫赤井秀壹的神秘人有很多問題，他懷疑這和黑暗組織有關。8.2003年:高木和佐藤，壹對“戀人”，註定相愛。並首次曝光了佐藤的初戀——三年前在爆炸中因公殉職的松田陣平；黑暗組織與柯南、艾的交集逐漸增多，組織中的人物相繼出現。9.2004年:組織大打出手。新醫生是貝爾摩，朱迪和赤井秀壹實際上是美國聯邦調查局的成員。10，2005年:海東黑場再現；甲子園發生爆炸，與組織有關的事實逐漸清晰。11，2006:新組織成員基爾出現，柯南被另壹個被我們教會鼓勵的人包圍，情況惡化。12，2007:水無憐奈意識還沒恢復，壹張穎友父親神秘行為的照片被調查。13，2008:紅與黑的碰撞系列進壹步揭露了該組織的歷史，了解了水無憐奈的身份，重點刻畫了赤井秀壹。在這個系列的結尾，赤井秀壹死了(可能是偽裝的)。同時我們學校的穎友知道柯南的真實身份(有壹段話說我們學校的穎友想向蘭表白，但是因為柯南的原因，沒有發生)。14，2009: (521~525)柯南又成了新的。15，2010至今:赤井秀壹出現。(但波旁可能是裝的，因為在第564集，壹休用右手開槍，而真正的壹休是左撇子。)
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