1997年8月，在區醫藥藥材總公司的領導下，進行了資產重組，成立了原鶴年堂醫藥經營公司。原廣安門中西藥品批發站、原牛街口藥品批發站合並為“北京鶴年堂藥品經營公司”。註冊商標為“鶴年堂”。鶴年堂醫藥經營公司為國有獨資企業，地址為宣武區廣內街7號。法定代表人:曹喜久。企業註冊資本1萬元，經營方式為批發零售，經營中藥飲片、中成藥、西藥制劑、醫療器械等。這個公司有30個人，職稱是醫學和藥學。鶴年堂醫藥經營公司的主要組織機構是壹個批發部和六個零售點。原因是1號廳批發部位於宣武區廣內大街460號。鶴年堂第壹經營部位於宣武區廣內街7號；鶴年堂第二經營部位於宣武區廣內街460號；4鶴年堂第三經營部位於宣武區長春街64號；5宣武區牛街南口益民巷8號，鶴年堂第四營業地點；6鶴年堂第五經營部位於宣武區南橫西街53號；7鶴年堂第六經營部位於宣武區長春街7號樓。
總部喬遷之喜
2009年，為配合北京地鐵4號線菜市口站的建設，具有600年歷史的北京鶴年堂總店(菜市口店)於2009年7月1日正式搬遷新址，由廣安門內大街43-1號(菜市口路口西北角)遷至廣安門內大街6號(菜市口路口西南角)，同時保留北京鶴年堂傳統菜市口店，北京新址設施齊全，環境極佳。門診掛號方式完全與北京三甲醫院接軌，候診大廳可同時容納80余人，大大改善了就醫環境和空間，為廣大患者及時、快速、真實地看病創造了優良的就醫條件。