這篇論文遭到了壹些人的反對。為了反駁反對意見，波義耳闡明了在壹定溫度下，氣體的壓強與體積成反比。法國物理學家埃德姆·馬略特得到了同樣的結果，但直到1667才發表。所以在英語國家，這個定律叫做波義耳定律，而在歐洲大陸叫做埃德姆·馬略特定律。
161年，波義耳出版了《懷疑論的化學家》。在這本書裏，波義耳對壹直存在的四元素理論進行了批判，認為在科學研究中，所有組成物質的物質都不應該被稱為元素，而應該采取類似於赫耳蒙特的觀點，認為它們不能相互轉化，不能作為元素還原為更簡單的東西。
他說:“當我說元素時...我指的是原始的，簡單的，完全不摻雜的。元素不能由任何其他對象組成，也不能由彼此組成。元素是直接合成所謂完全混合物的成分，也是完全混合物最終分解成的元素。”
然而，元素粒子的不同聚集導致不同的性質。波義耳被認為是現代化學的奠基人，因為他在實驗和理論兩方面都對化學的發展做出了重要貢獻，他的工作為現代化學奠定了初步的基礎。
老年生活
1689之後，波義耳糟糕的身體狀況持續惡化。他退出了所有社交活動，結束了與皇家學會的關系，並為不能接待訪客公開道歉。在這種隱居生活中，他打算整理自己的思想和文章，希望從事壹些秘密的化學研究，傳於後世。
1691年12.30，博伊爾在姐姐去世後僅僅壹周就去世了。安葬在聖馬丁教堂的墓地，根據遺囑，他將自己關於上帝存在討論的演講稿捐贈給後來的學者討論。