漢代漢武帝封二年(前109)，屬益州郡協隆郡；漢永平十二年(69年)，屬永昌縣協隆郡。
蜀漢自建興三年(225)起，先後還雲南郡、東河陽縣協隆郡。
唐朝隸屬於耀州首府松州。南詔時期是孟社聖旨的壹部分，在其十區內歸孟社管轄。
大理國時期，先屬天水郡管轄；大理廢除節度使制度後，在凱南、威遠、原孟社設立孟社鎮，南溪歸孟社鎮管理。
南宋時，從胡寶五年(1257)壹路歸楚雄管轄。
元初，魏初府隸屬於大理總局，隸屬於千家萬戶。忽必烈至元十二年(1275)，南澗正式設立縣級行政區，命名定邊縣，隸屬鎮南郡。至元二十四年(1287)，南澗改為鄉，仍劃歸周楠鎮。元末，以擴張勢力為主。
明朝洪武十七年(1384)，南澗恢復為縣級行政區，仍稱定邊縣，由楚雄州直轄。洪武二十壹年(1388)“定邊戰役”後，南澗實際上被作為駐軍定居的重要場所。明代中期，設立南澗公郎和碧溪為巡檢司，隸屬花夢政府。小灣東歸順寧府管轄。
清初，南澗屬楚雄州定邊縣；清雍正七年(1729)，廢除定邊縣建制。定邊縣東部由楚雄州領導，其余部分由花夢州管轄。
民國元年(1912)，原花夢直隸會館更名為花夢府，南澗地仍屬花夢府管轄。民國三年(1914)，原花夢府改為花夢縣後，南澗縣又分為縣，即南澗縣和蒼狼縣。民國21 (1932)年，取消縣，統壹為四、五、六區。29年(1940)改為鄉鎮制。
中華人民共和國成立後，1961直屬於花夢縣(後更名為巍山縣)。1965 11、南澗彜族自治縣正式成立，隸屬大理白族自治州。