漢代漢武帝封二年(前109),屬益州郡協隆郡;漢永平十二年(69年),屬永昌縣協隆郡。
蜀漢自建興三年(225)起,先後還雲南郡、東河陽縣協隆郡。
唐朝隸屬於耀州首府松州。南詔時期是孟社聖旨的壹部分,在其十區內歸孟社管轄。
大理國時期,先屬天水郡管轄;大理廢除節度使制度後,在凱南、威遠、原孟社設立孟社鎮,南溪歸孟社鎮管理。
南宋時,從胡寶五年(1257)壹路歸楚雄管轄。
元初,魏初府隸屬於大理總局,隸屬於千家萬戶。忽必烈至元十二年(1275),南澗正式設立縣級行政區,命名定邊縣,隸屬鎮南郡。至元二十四年(1287),南澗改為鄉,仍劃歸周楠鎮。元末,以擴張勢力為主。
明朝洪武十七年(1384),南澗恢復為縣級行政區,仍稱定邊縣,由楚雄州直轄。洪武二十壹年(1388)“定邊戰役”後,南澗實際上被作為駐軍定居的重要場所。明代中期,設立南澗公郎和碧溪為巡檢司,隸屬花夢政府。小灣東歸順寧府管轄。
清初,南澗屬楚雄州定邊縣;清雍正七年(1729),廢除定邊縣建制。定邊縣東部由楚雄州領導,其余部分由花夢州管轄。
民國元年(1912),原花夢直隸會館更名為花夢府,南澗地仍屬花夢府管轄。民國三年(1914),原花夢府改為花夢縣後,南澗縣又分為縣,即南澗縣和蒼狼縣。民國21 (1932)年,取消縣,統壹為四、五、六區。29年(1940)改為鄉鎮制。
中華人民共和國成立後,1961直屬於花夢縣(後更名為巍山縣)。1965 11、南澗彜族自治縣正式成立,隸屬大理白族自治州。