南京屬北亞熱帶濕潤氣候，四季分明，雨量充沛。年平均降雨量117天，平均降雨量1106.5mm，相對濕度76%，無霜期237天。每年6月下旬至7月上旬為雨季。年平均氣溫15.4℃，年極端氣溫最高39.7℃，最低-13.1℃。
南京4月1左右進入春季，6月8日左右進入夏季，9月18左右進入秋季，6月112左右進入冬季。南京春秋短，冬長夏長，冬夏溫差顯著。由於大氣環流的變化，加上南京不斷的植樹造林，南京的夏季熱度比其他城市大大降低，所以去掉了“火爐”這個名字。
南京水文情況
南京水域面積11%以上，包括秦淮河、金川河、玄武湖、莫愁湖、百家湖、石臼湖、固城湖、金牛湖。長江貫穿全市，海岸線總長近200公裏，境內大小河流120條。江河湖泊都屬於長江水系，只有流入六合區北部高郵湖和寶應湖的河流才屬於淮河水系。
長江水系包括長江以南的秦淮河水系、長江以北的滁河水系、長江兩岸的小河流單獨匯入江中形成的沿江水系、石臼湖和固城湖組成的兩湖水系、高淳以東的西太湖水系。地下水資源豐富，水質優良，尤其是唐山溫泉、湯泉溫泉、珍珠泉。
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