時代發展到六朝，玄武湖開始成為皇家園林。玄武湖？這個名字也出現在這個時期。關於什麽？玄武湖？這個名字的由來，據說是劉宋時期出現在這個湖裏的？黑龍？。玄武湖被定為皇家園林後，劉崧和宋文帝也下令疏浚。當時，從玄武湖中挖掘出來的泥沙最終堆積成三個小島，即今天湖中的涼州、周桓和瀛州。
但隋唐以後，由於這兩個朝代的都城都遠離玄武湖所在的南京，玄武湖才逐漸成為皇家的壹景。因為皇室的健忘，玄武湖逐漸出現泥沙淤積。進入宋代以後，玄武湖是王安石提出來的。棄湖還田？玄武湖因為填埋的建議消失了。這種狀態持續了200多年，直到元朝建立，玄武湖才在朝廷的命令下重新出現在世人面前。
明朝取代元朝後，朱元璋定都南京，所以玄武湖也受到重視。但是玄武湖因為用來存放黃書，被列為禁地，普通人根本無法進入。後來即使明朝遷都北京，玄武湖的禁地地位也沒有改變。玄武湖與世隔絕了200多年，直到清末才對外開放。