在古希臘，荷馬和亞裏士多德的著作中也記載了對害蟲的防治。但由於封建神權的壓制和宗教迷信的束縛，對害蟲的觀察和研究長期得不到發展，有些害蟲仍被視為“神蟲”，認為神聖不可侵犯。
16世紀歐洲文藝復興之後，農業害蟲及其防治的研究取得了進展。17世紀顯微鏡的應用和18世紀中期林奈的動植物分類二項式方法的建立，奠定了昆蟲分類學的基礎，促進了昆蟲生物學的研究，包括害蟲與寄主植物的關系，為農業昆蟲學的出現準備了條件。1841年，哈裏斯出版了《植物害蟲》壹書，介紹了當時各種害蟲的防治措施。
1869年，德國學者海克爾提出了生態學的概念，對應用生態學和應用昆蟲學的發展產生了重大影響，也為農業昆蟲學學科體系的形成提供了生態學基礎。
20世紀，昆蟲學的壹些基礎學科在原有基礎上進壹步發展，有的應用分析和實驗方法研究昆蟲行為、內在機理及其與環境因素的關系，形成了昆蟲行為學、昆蟲生態學、昆蟲生理學和昆蟲毒理學等分支學科。同時，農業昆蟲學在現有生物學和生態學的基礎上，逐漸形成了自己的學科體系。20世紀初，系統的農業昆蟲學專著相繼問世。如E.O. Sanderson在1915年撰寫的《農田、菜地、果園害蟲》壹書中，根據害蟲的生物學特性提出了相應的防治方法，強調正確識別害蟲種類，分析不同防治措施的效果。此後，害蟲控制科學逐漸發展起來。
到了20世紀40年代，由於DDT的合成和應用以及有機氯、有機磷和氨基甲酸酯類農藥的出現，農業昆蟲學的研究達到了頂峰。然後，隨著集成控制的發展，它進入了壹個以綜合應用多學科知識為特征的新階段。