元二十六年(1366),朱元璋向東北擴張南京時修建朝陽門。當時城門是單孔票門,門外還有壹個。此門是連接城內宮城和城外明陵的通道。
清鹹豐三年(1853),太平軍從朝陽門進攻南京。
清同治三年(1864),湘軍收復南京,朝陽門外多次激戰。同治四年,清政府為了加強防禦,在朝陽門外修建了外甕。但由於城門靠近護城河,如果建傳統的凸甕,深度不夠。因此,它是南京所有城門甕中唯壹的半橢圓形甕。外甕城的大門和朝陽門的大門不在同壹中軸線上,而是斜著設置在外甕城墻的北向。
清光緒十八年(1892),朝陽門塔按淮安府城塔風格重修,分上下兩層,歇山頂重檐,全部用城磚修補。
清三年(1911),武昌起義時,許指揮江浙聯軍從朝陽門進攻南京。
民國十七年(1928)七月,國民政府對七座城門進行了更名和整修,其中朝陽門更名為中山門,沿用至今。同年,因孫中山先生靈柩喪事,國民政府將狹窄的朝陽門拆除,將門座挖下,建成三孔券門。
民國18年(1929),中山門後門由譚題寫。
1943年9月,中山門正面改為汪精衛隸書石額。1946年,汪精衛的簽名被鑿掉,但他的“中山門”二字卻用了50多年。
1996中山門三個檢票口改為滬寧高速進入南京城入口。為方便城內外交通,城門下兩側開辟了壹條全長1600米的雙車道交通隧道。與此同時,汪精衛的題詞被改為王獻之的收藏。