元二十六年(1366)，朱元璋向東北擴張南京時修建朝陽門。當時城門是單孔票門，門外還有壹個。此門是連接城內宮城和城外明陵的通道。
清鹹豐三年(1853)，太平軍從朝陽門進攻南京。
清同治三年(1864)，湘軍收復南京，朝陽門外多次激戰。同治四年，清政府為了加強防禦，在朝陽門外修建了外甕。但由於城門靠近護城河，如果建傳統的凸甕，深度不夠。因此，它是南京所有城門甕中唯壹的半橢圓形甕。外甕城的大門和朝陽門的大門不在同壹中軸線上，而是斜著設置在外甕城墻的北向。
清光緒十八年(1892)，朝陽門塔按淮安府城塔風格重修，分上下兩層，歇山頂重檐，全部用城磚修補。
清三年(1911)，武昌起義時，許指揮江浙聯軍從朝陽門進攻南京。
民國十七年(1928)七月，國民政府對七座城門進行了更名和整修，其中朝陽門更名為中山門，沿用至今。同年，因孫中山先生靈柩喪事，國民政府將狹窄的朝陽門拆除，將門座挖下，建成三孔券門。
民國18年(1929)，中山門後門由譚題寫。
1943年9月，中山門正面改為汪精衛隸書石額。1946年，汪精衛的簽名被鑿掉，但他的“中山門”二字卻用了50多年。
1996中山門三個檢票口改為滬寧高速進入南京城入口。為方便城內外交通，城門下兩側開辟了壹條全長1600米的雙車道交通隧道。與此同時，汪精衛的題詞被改為王獻之的收藏。